業績情報

• CRISPRi knockdown of the cyabrB1 gene induces the divergently transcribed icfG and sll1783 operons related to carbon metabolism in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
  Atsuko Hishida; Ryo Shirai; Akiyoshi Higo; Minenosuke Matsutani; Kaori Nimura-Matsune; Tomoko Takahashi; Satoru Watanabe; Shigeki Ehira; Yukako Hihara
  The Journal of General and Applied Microbiology, 2024年07月, ［査読有り］
  Microbiology Research Foundation, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.2323/jgam.2024.01.001
  DOI ID：10.2323/jgam.2024.01.001, ISSN：0022-1260, eISSN：1349-8037
• microRNA-guided immunity against respiratory virus infection in human and mouse lung cells
  Ayaka Shibamoto; Yoshiaki Kitsu; Keiko Shibata; Yuka Kaneko; Harune Moriizumi; Tomoko Takahashi
  Biology Open, 巻：13, 号：6, 2024年06月, ［査読有り］, ［責任著者］
  ABSTRACT
  
  Viral infectivity depends on multiple factors. Recent studies showed that the interaction between viral RNAs and endogenous microRNAs (miRNAs) regulates viral infectivity; viral RNAs function as a sponge of endogenous miRNAs and result in upregulation of its original target genes, while endogenous miRNAs target viral RNAs directly and result in repression of viral gene expression. In this study, we analyzed the possible interaction between parainfluenza virus RNA and endogenous miRNAs in human and mouse lungs. We showed that the parainfluenza virus can form base pairs with human miRNAs abundantly than mouse miRNAs. Furthermore, we analyzed that the sponge effect of endogenous miRNAs on viral RNAs may induce the upregulation of transcription regulatory factors. Then, we performed RNA-sequence analysis and observed the upregulation of transcription regulatory factors in the early stages of parainfluenza virus infection. Our studies showed how the differential expression of endogenous miRNAs in lungs could contribute to respiratory virus infection and species- or tissue-specific mechanisms and common mechanisms could be conserved in humans and mice and regulated by miRNAs during viral infection.
  The Company of Biologists, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1242/bio.060172
  DOI ID：10.1242/bio.060172, eISSN：2046-6390
• Caspase-mediated processing of TRBP regulates apoptosis during viral infection
  Keiko Shibata; Harune Moriizumi; Koji Onomoto; Yuka Kaneko; Takuya Miyakawa; Shuhei Zenno; Masaru Tanokura; Mitsutoshi Yoneyama; Tomoko Takahashi; Kumiko Ui-Tei
  Nucleic Acids Research, 巻：52, 号：9, 開始ページ：5209, 終了ページ：5225, 2024年04月, ［査読有り］, ［責任著者］
  Abstract
  
  RNA silencing is a post-transcriptional gene-silencing mechanism mediated by microRNAs (miRNAs). However, the regulatory mechanism of RNA silencing during viral infection is unclear. TAR RNA-binding protein (TRBP) is an enhancer of RNA silencing that induces miRNA maturation by interacting with the ribonuclease Dicer. TRBP interacts with a virus sensor protein, laboratory of genetics and physiology 2 (LGP2), in the early stage of viral infection of human cells. Next, it induces apoptosis by inhibiting the maturation of miRNAs, thereby upregulating the expression of apoptosis regulatory genes. In this study, we show that TRBP undergoes a functional conversion in the late stage of viral infection. Viral infection resulted in the activation of caspases that proteolytically processed TRBP into two fragments. The N-terminal fragment did not interact with Dicer but interacted with type I interferon (IFN) signaling modulators, such as protein kinase R (PKR) and LGP2, and induced ER stress. The end results were irreversible apoptosis and suppression of IFN signaling. Our results demonstrate that the processing of TRBP enhances apoptosis, reducing IFN signaling during viral infection.
  Oxford University Press (OUP), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkae246
  DOI ID：10.1093/nar/gkae246, ISSN：0305-1048, eISSN：1362-4962
• AraC-induced neuron-like differentiation of human NTERA2/D1 cells and quantification of endogenous pre-mir-106b and 19b levels　　　　　　　　　　　　　　　
  Yuka Kaneko; Tomoko Takahashi
  MicroPubl. Biol., 2023年07月, ［査読有り］, ［責任著者］
  英語
  DOI：https://doi.org/10.17912/micropub.biology.000803
  DOI ID：10.17912/micropub.biology.000803
• The regulation of persistent Borna disease virus infection by RNA silencing factors in human cells　　　　　　　　　　　　　　　
  Yuka Kaneko; Yuui Naito; Rie Koide; Nicholas F. Parrish; Tomoko Takahashi
  Biochemical and Biophysical Research Communications, 巻：658, 開始ページ：122, 終了ページ：127, 2023年05月, ［査読有り］, ［責任著者］
  Elsevier BV, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2023.03.069
  DOI ID：10.1016/j.bbrc.2023.03.069, ISSN：0006-291X
• Mammalian antiviral systems directed by small RNA
  Tomoko Takahashi; Steven M. Heaton; Nicholas F. Parrish
  PLOS Pathogens, 巻：17, 号：12, 開始ページ：e1010091, 終了ページ：e1010091, 2021年12月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
  There are strong incentives for human populations to develop antiviral systems. Similarly, genomes that encode antiviral systems have had strong selective advantages. Protein-guided immune systems, which have been well studied in mammals, are necessary for survival in our virus-laden environments. Small RNA–directed antiviral immune systems suppress invasion of cells by non-self genetic material via complementary base pairing with target sequences. These RNA silencing-dependent systems operate in diverse organisms. In mammals, there is strong evidence that microRNAs (miRNAs) regulate endogenous genes important for antiviral immunity, and emerging evidence that virus-derived nucleic acids can be directly targeted by small interfering RNAs (siRNAs), PIWI-interacting RNAs (piRNAs), and transfer RNAs (tRNAs) for protection in some contexts. In this review, we summarize current knowledge of the antiviral functions of each of these small RNA types and consider their conceptual and mechanistic overlap with innate and adaptive protein-guided immunity, including mammalian antiviral cytokines, as well as the prokaryotic RNA-guided immune system, CRISPR. In light of recent successes in delivery of RNA for antiviral purposes, most notably for vaccination, we discuss the potential for development of small noncoding RNA–directed antiviral therapeutics and prophylactics.
  Public Library of Science (PLoS), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1010091
  DOI ID：10.1371/journal.ppat.1010091, eISSN：1553-7374
• Establishing an efficient protoplast transient expression system for investigation of floral thermogenesis in aroids
  Haruhiko Maekawa; Miyabi Otsubo; Mitsuhiko P. Sato; Tomoko Takahashi; Koichiro Mizoguchi; Daiki Koyamatsu; Takehito Inaba; Yasuko Ito-Inaba
  Plant Cell Reports, 巻：41, 号：1, 開始ページ：263, 終了ページ：275, 2021年10月, ［査読有り］
  Springer Science and Business Media LLC, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1007/s00299-021-02806-1
  DOI ID：10.1007/s00299-021-02806-1, ISSN：0721-7714, eISSN：1432-203X
• Mutual Regulation of RNA Silencing and the IFN Response as an Antiviral Defense System in Mammalian Cells
  Tomoko Takahashi; Kumiko Ui-Tei
  International Journal of Molecular Sciences, 巻：21, 号：4, 開始ページ：1348, 終了ページ：1348, 2020年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者, 責任著者］
  RNA silencing is a posttranscriptional gene silencing mechanism directed by endogenous small non-coding RNAs called microRNAs (miRNAs). By contrast, the type-I interferon (IFN) response is an innate immune response induced by exogenous RNAs, such as viral RNAs. Endogenous and exogenous RNAs have typical structural features and are recognized accurately by specific RNA-binding proteins in each pathway. In mammalian cells, both RNA silencing and the IFN response are induced by double-stranded RNAs (dsRNAs) in the cytoplasm, but have long been considered two independent pathways. However, recent reports have shed light on crosstalk between the two pathways, which are mutually regulated by protein–protein interactions triggered by viral infection. This review provides brief overviews of RNA silencing and the IFN response and an outline of the molecular mechanism of their crosstalk and its biological implications. Crosstalk between RNA silencing and the IFN response may reveal a novel antiviral defense system that is regulated by miRNAs in mammalian cells.
  MDPI AG, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.3390/ijms21041348
  DOI ID：10.3390/ijms21041348, eISSN：1422-0067
• TRBP–Dicer interaction may enhance HIV-1 TAR RNA translation via TAR RNA processing, repressing host-cell apoptosis
  Chiaki Komori; Tomoko Takahashi; Yuko Nakano; Kumiko Ui-Tei
  Biology Open, 2020年01月, ［査読有り］
  The transactivating response (TAR) RNA-binding protein (TRBP) has been identified as a double-stranded RNA (dsRNA)-binding protein, which associates with a stem-loop region known as the TAR element in human immunodeficiency virus-1 (HIV-1). However, TRBP is also known to be an enhancer of RNA silencing, interacting with Dicer, an enzyme that belongs to the RNase III family. Dicer cleaves long dsRNA into small dsRNA fragments called small interfering RNA or microRNA (miRNA) to mediate RNA silencing. During HIV-1 infection, TAR RNA-mediated translation is suppressed by the secondary structure of 5'UTR TAR RNA. However, TRBP binding to TAR RNA relieves its inhibitory action of translation and Dicer processes HIV-1 TAR RNA to generate TAR miRNA. However, whether the interaction between TRBP and Dicer is necessary for TAR RNA translation or TAR miRNA processing remains unclear. In this study, we constructed TRBP mutants that were unable to interact with Dicer by introducing mutations into amino acid residues necessary for the interaction. Furthermore, we established cell lines expressing such TRBP mutants. Then, we revealed that the TRBP–Dicer interaction is essential for both the TAR-containing RNA translation and the TAR miRNA processing in HIV-1.
  The Company of Biologists, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1242/bio.050435
  DOI ID：10.1242/bio.050435, eISSN：2046-6390
• LGP2 virus sensor enhances apoptosis by upregulating apoptosis regulatory genes through TRBP-bound miRNAs during viral infection
  Tomoko Takahashi; Yuko Nakano; Koji Onomoto; Mitsutoshi Yoneyama; Kumiko Ui-Tei
  Nucleic Acids Research, 巻：48, 号：3, 開始ページ：1494, 終了ページ：1507, 2019年12月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  Abstract
  
  During viral infection, viral nucleic acids are detected by virus sensor proteins including toll-like receptor 3 or retinoic acid-inducible gene I-like receptors (RLRs) in mammalian cells. Activation of these virus sensor proteins induces type-I interferon production and represses viral replication. Recently, we reported that an RLR family member, laboratory of genetics and physiology 2 (LGP2), modulates RNA silencing by interacting with an RNA silencing enhancer, TAR-RNA binding protein (TRBP). However, the biological implications remained unclear. Here, we show that LGP2 enhances apoptosis by upregulating apoptosis regulatory genes during viral infection. Sendai virus (SeV) infection increased LGP2 expression approximately 900 times compared to that in non-virus-infected cells. Then, the induced LGP2 interacted with TRBP, resulting in the inhibition of maturation of the TRBP-bound microRNA (miRNA) and its subsequent RNA silencing activity. Gene expression profiling revealed that apoptosis regulatory genes were upregulated during SeV infection: caspases-2, -8, -3 and -7, four cysteine proteases with key roles in apoptosis, were upregulated directly or indirectly through the repression of a typical TRBP-bound miRNA, miR-106b. Our findings may shed light on the mechanism of apoptosis, induced by the TRBP-bound miRNAs through the interaction of TRBP with LGP2, as an antiviral defense system in mammalian cells.
  Oxford University Press (OUP), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkz1143
  DOI ID：10.1093/nar/gkz1143, ISSN：0305-1048, eISSN：1362-4962
• Virus Sensor RIG-I Represses RNA Interference by Interacting with TRBP through LGP2 in Mammalian Cells
  Tomoko Takahashi; Yuko Nakano; Koji Onomoto; Mitsutoshi Yoneyama; Kumiko Ui-Tei
  Genes, 巻：9, 号：10, 開始ページ：511, 終了ページ：511, 2018年10月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  Exogenous double-stranded RNAs (dsRNAs) similar to viral RNAs induce antiviral RNA silencing or RNA interference (RNAi) in plants or invertebrates, whereas interferon (IFN) response is induced through activation of virus sensor proteins including Toll like receptor 3 (TLR3) or retinoic acid-inducible gene I (RIG-I) like receptors (RLRs) in mammalian cells. Both RNA silencing and IFN response are triggered by dsRNAs. However, the relationship between these two pathways has remained unclear. Laboratory of genetics and physiology 2 (LGP2) is one of the RLRs, but its function has remained unclear. Recently, we reported that LGP2 regulates endogenous microRNA-mediated RNA silencing by interacting with an RNA silencing enhancer, TAR-RNA binding protein (TRBP). Here, we investigated the contribution of other RLRs, RIG-I and melanoma-differentiation-associated gene 5 (MDA5), in the regulation of RNA silencing. We found that RIG-I, but not MDA5, also represses short hairpin RNA (shRNA)-induced RNAi by type-I IFN. Our finding suggests that RIG-I, but not MDA5, interacts with TRBP indirectly through LGP2 to function as an RNAi modulator in mammalian cells.
  MDPI AG, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.3390/genes9100511
  DOI ID：10.3390/genes9100511, eISSN：2073-4425
• LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs
  Tomoko Takahashi; Yuko Nakano; Koji Onomoto; Fuminori Murakami; Chiaki Komori; Yutaka Suzuki; Mitsutoshi Yoneyama; Kumiko Ui-Tei
  Nucleic Acids Research, 巻：46, 号：17, 開始ページ：9134, 終了ページ：9147, 2018年06月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  Oxford University Press (OUP), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gky575
  DOI ID：10.1093/nar/gky575, ISSN：0305-1048, eISSN：1362-4962
• Current Status for Application of RNA Interference Technology as Nucleic Acid Drug
  Tomoko Takahashi; Yuko Nakano; Kumiko Ui-Tei
  Gene Expression and Regulation in Mammalian Cells - Transcription From General Aspects, 2018年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  InTech, 論文集(書籍)内論文
  DOI：https://doi.org/10.5772/intechopen.71965
  DOI ID：10.5772/intechopen.71965
• Chemical Modification of the siRNA Seed Region Suppresses Off-Target Effects by Steric Hindrance to Base-Pairing with Targets
  Hanna Iribe; Kengo Miyamoto; Tomoko Takahashi; Yoshiaki Kobayashi; Jastina Leo; Misako Aida; Kumiko Ui-Tei
  ACS Omega, 巻：2, 号：5, 開始ページ：2055, 終了ページ：2064, 2017年05月, ［査読有り］
  American Chemical Society (ACS), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1021/acsomega.7b00291
  DOI ID：10.1021/acsomega.7b00291, ISSN：2470-1343, eISSN：2470-1343
• RNA干渉法の核酸医薬への利用（1）　　　　　　　　　　　　　　　
  高橋朋子; 程久美子
  核酸医薬学会誌, 巻：21, 開始ページ：14, 終了ページ：21, 2017年, ［査読有り］, ［筆頭著者］
• siRNAの利点と技術開発・安全性評価　　　　　　　　　　　　　　　
  中野悠子; 高橋朋子; 程久美子
  先端治療技術の実用化と開発戦略（核酸医薬、免疫療法、遺伝子治療、細胞医薬品）, 2017年
• 核酸医薬とsmall RNA　　　　　　　　　　　　　　　
  高橋朋子; 程久美子
  DOJIN BIOSCIENCEシリーズ・非コードRNA, 2016年, ［筆頭著者］
• The siRNA Non-seed Region and Its Target Sequences Are Auxiliary Determinants of Off-Target Effects
  Piotr J. Kamola; Yuko Nakano; Tomoko Takahashi; Paul A. Wilson; Kumiko Ui-Tei
  PLOS Computational Biology, 巻：11, 号：12, 開始ページ：e1004656, 終了ページ：e1004656, 2015年12月, ［査読有り］
  Public Library of Science (PLoS), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004656
  DOI ID：10.1371/journal.pcbi.1004656, eISSN：1553-7358
• Control of the localization and function of a miRNA silencing component TNRC6A by Argonaute protein
  Kenji Nishi; Tomoko Takahashi; Masataka Suzawa; Takuya Miyakawa; Tatsuya Nagasawa; Yvelt Ming; Masaru Tanokura; Kumiko Ui-Tei
  Nucleic Acids Research, 開始ページ：gkv1026, 終了ページ：gkv1026, 2015年10月, ［査読有り］
  Oxford University Press (OUP), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gkv1026
  DOI ID：10.1093/nar/gkv1026, ISSN：0305-1048, eISSN：1362-4962
• ノンコーディングRNAの生体機能と医薬応用の現状　　　　　　　　　　　　　　　
  程久美子; 高橋朋子
  核酸医薬の創製と応用展開, 2015年
• Interactions between the non-seed region of siRNA and RNA-binding RLC/RISC proteins, Ago and TRBP, in mammalian cells
  Tomoko Takahashi; Shuhei Zenno; Osamu Ishibashi; Toshihiro Takizawa; Kaoru Saigo; Kumiko Ui-Tei
  Nucleic Acids Research, 巻：42, 号：8, 開始ページ：5256, 終了ページ：5269, 2014年02月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  Oxford University Press (OUP), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1093/nar/gku153
  DOI ID：10.1093/nar/gku153, ISSN：0305-1048, eISSN：1362-4962
• miRBase 〜miRNAのデータベース〜　　　　　　　　　　　　　　　
  高橋朋子; 程久美子
  実験医学別冊 今日から使える！データベース・ウェブツール, 2014年, ［筆頭著者］
• miRNAの標的予測ウェブサイト　　　　　　　　　　　　　　　
  高橋朋子; 程久美子
  実験医学別冊 今日から使える！データベース・ウェブツール, 2014年, ［筆頭著者］
• Distinguishable In Vitro Binding Mode of Monomeric TRBP and Dimeric PACT with siRNA
  Tomoko Takahashi; Takuya Miyakawa; Shuhei Zenno; Kenji Nishi; Masaru Tanokura; Kumiko Ui-Tei
  PLoS ONE, 巻：8, 号：5, 開始ページ：e63434, 終了ページ：e63434, 2013年05月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  Public Library of Science (PLoS), 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1371/journal.pone.0063434
  DOI ID：10.1371/journal.pone.0063434, eISSN：1932-6203
• Thermodynamic Control of Small RNA-Mediated Gene Silencing　　　　　　　　　　　　　　　
  Kumiko Ui-Tei; Kenji Nishi; Tomoko Takahashi; Tatsuya Nagasawa
  Frontiers in Genetics, 巻：3, 2012年06月, ［査読有り］
  Frontiers Media SA, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.3389/fgene.2012.00101
  DOI ID：10.3389/fgene.2012.00101, eISSN：1664-8021
• RNAi実験の準備と実践 3. 修飾基のついたsiRNAのRNAi効果とその選択　　　　　　　　　　　　　　　
  西賢二; 高橋朋子; 長沢達矢; 程久美子
  実験医学別冊 目的別で選べる 遺伝子導入プロトコール, 2012年
• Role of Multiple HLR1 Sequences in the Regulation of the Dual Promoters of the psaAB Genes in Synechocystis sp. PCC 6803
  Tomoko Takahashi; Nanako Nakai; Masayuki Muramatsu; Yukako Hihara
  Journal of Bacteriology, 巻：192, 号：15, 開始ページ：4031, 終了ページ：4036, 2010年08月, ［査読有り］, ［筆頭著者］
  ABSTRACT
  
  Previously, we analyzed the promoter architecture of the psaAB genes encoding reaction center subunits of photosystem I (PSI) in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803. There exist two promoters, P1 and P2, both of which show typical high-light (HL) response of PSI genes; their activities are high under low-light (LL) conditions but rapidly downregulated upon the shift to HL conditions. In this study, it was suggested that a response regulator RpaB binds to multiple high-light regulatory 1 (HLR1) sequences in the upstream region of the psaAB genes. We explored the regulatory role of cis -elements, including these HLR1 sequences on the individual activity of P1 and P2. Under LL conditions, the most influential cis -element is HLR1C (−62 to −45, relative to the transcriptional starting point of P1) working for positive regulation of P1. The other HLR1 sequences also affect the promoter activity under LL conditions; HLR1A (−255 to −238) is involved in repression of P1, whereas HLR1B (−153 to −126) works for activation of P2. Upon the shift to HL conditions, regulation via HNE2 located within the region from −271 to −177 becomes active in order to downregulate both P1 and P2 activities. A positive effect of HLR1B on P2 may persist under HL. These results suggest that cis -elements, including multiple HLR1 sequences, differently regulate the activities of dual promoters of the psaAB genes to achieve the fine-tuning of the gene expression.
  American Society for Microbiology, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1128/jb.00444-10
  DOI ID：10.1128/jb.00444-10, ISSN：0021-9193, eISSN：1098-5530
• The Response Regulator RpaB Binds to the Upstream Element of Photosystem I Genes To Work for Positive Regulation under Low-Light Conditions in Synechocystis sp. Strain PCC 6803
  Yurie Seino; Tomoko Takahashi; Yukako Hihara
  Journal of Bacteriology, 巻：191, 号：5, 開始ページ：1581, 終了ページ：1586, 2009年03月, ［査読有り］
  ABSTRACT
  
  The coordinated high-light response of genes encoding subunits of photosystem I (PSI) is achieved by the AT-rich region located just upstream of the core promoter in Synechocystis sp. strain PCC 6803. The upstream element enhances the basal promoter activity under low-light conditions, whereas this positive regulation is lost immediately after the shift to high-light conditions. In this study, we focused on a high-light regulatory 1 (HLR1) sequence included in the upstream element of every PSI gene examined. A gel mobility shift assay revealed that a response regulator RpaB binds to the HLR1 sequence in PSI promoters. Base substitution in the HLR1 sequence or decrease in copy number of the rpaB gene resulted in decrease in the promoter activity of PSI genes under low-light conditions. These observations suggest that RpaB acts as a transcriptional activator for PSI genes. It is likely that RpaB binds to the HLR1 sequence under low-light conditions and works for positive regulation of PSI genes and for negative regulation of high-light-inducible genes depending on the location of the HLR1 sequence within target promoters.
  American Society for Microbiology, 研究論文（学術雑誌）
  DOI：https://doi.org/10.1128/jb.01588-08
  DOI ID：10.1128/jb.01588-08, ISSN：0021-9193, eISSN：1098-5530

• 遺伝物質の構造と複製, 埼玉大学理学部
• 分子生物学基礎, 埼玉大学理学部
• 遺伝子発現学演習, 埼玉大学理学部
• 分子生物科学実験II, 埼玉大学理学部
• 分子生物科学実験I, 埼玉大学理学部
• 基礎生物学実験, 埼玉大学理学部
• 生物英語I, 埼玉大学理学部
• 生命科学基礎実験, 東京大学理学部

• 日本分子生物学会
• 日本ウイルス学会
• 日本RNA学会
• 日本核酸医薬学会

• キヤノン財団 善き未来をひらく科学技術研究助成　　　　　　　　　　　　　　　
  2023年
  高橋 朋子, 研究代表者
• MSD財団 感染症領域研究助成　　　　　　　　　　　　　　　
  2023年
  高橋 朋子, 研究代表者
• 武田科学振興財団 生命科学研究助成　　　　　　　　　　　　　　　
  2022年
  高橋 朋子, 研究代表者
• 日立財団 倉田奨励金　　　　　　　　　　　　　　　
  2021年
  高橋 朋子, 研究代表者
• 公益財団法人 内藤記念科学振興財団, 第52回奨励金・研究助成, 2020年12月
  高橋 朋子, 研究代表者
• 公益財団法人 セコム科学技術振興財団, 挑戦的研究助成, 2020年04月
  高橋 朋子, 研究代表者
• マイクロRNAによる遺伝子発現ネットワークの制御を介したヒトの生体防御機構の解明　　　　　　　　　　　　　　　
  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 若手研究, 2018年04月01日 - 2020年03月31日
  高橋 朋子
  配分額（総額）：4160000, 配分額（直接経費）：3200000, 配分額（間接経費）：960000
  ウイルスが生体に感染すると、細胞外ではToll like receptors (TLRs)、細胞内ではRIG-I like receptors (RLRs)といったウイルスセンサータンパク質がウイルス特有の構成成分を認識し、I型インターフェロン(IFN)を誘導して細胞を防御する。我々はセンダイウイルス感染時にIFNにより誘導されたLGP2が、RNAサイレンシングの促進因子であるTRBPに結合し、その機能（miRNA成熟化の促進）を抑制することで特定のmicroRNAのRNAサイレンシングを阻害することを見出した。
  課題番号：18K15178
• 文部科学省, 科学研究費補助金 若手研究, 2018年04月 - 2020年03月
  高橋 朋子, 研究代表者
  競争的資金
• 公益財団法人 伊藤科学振興会, 第53回研究助成, 2020年
  高橋朋子, 研究代表者
• 公益財団法人 日揮・実吉奨学会, 2020年度研究助成, 2020年
  高橋 朋子, 研究代表者
• 公益財団法人 ノバルティス科学振興財団, 研究奨励金, 2020年
  高橋 朋子, 研究代表者
• 公益財団法人 小柳財団, 研究助成, 2020年
  高橋 朋子, 研究代表者
• 哺乳類特異的な、RNAサイレンシングと抗ウイルス反応のクロストーク機構の解析　　　　　　　　　　　　　　　
  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 若手研究(B), 2015年04月01日 - 2017年03月31日
  高橋 朋子, 東京大学
  配分額（総額）：4160000, 配分額（直接経費）：3200000, 配分額（間接経費）：960000
  生体内には内在的にsiRNAやmiRNAなどの小分子ノンコーディングRNAが存在し、RNAサイレンシング機構により塩基配列特異的に広く多様な遺伝子発現ネットワークを制御している。一方、ウイルスなどの外来性RNAはウイルスセンサータンパク質によって感知され、I型インターフェロンの誘導を伴った抗ウイルス反応を誘導する。これらの経路はこれまで独立した別々の経路であると考えられてきたが、2つの経路がクロストークすることを見出した。
  課題番号：15K19124
• 文部科学省, 科学研究費補助金 若手研究(B), 2015年04月 - 2017年03月
  高橋 朋子, 研究代表者
  競争的資金
• 公益財団法人 上原記念生命科学財団, 研究奨励金, 2017年
  高橋 朋子, 研究代表者
  競争的資金
• 公益財団法人 稲森財団, 研究助成, 2016年
  高橋 朋子, 研究代表者
  競争的資金
• 公益財団法人 金原一郎記念医学医療振興財団, 第29回基礎医学医療研究助成金, 2014年04月
  高橋 朋子, 研究代表者
  競争的資金
• 文部科学省, 科学研究費補助金 特別研究員奨励費, 2011年04月 - 2014年03月
  高橋 朋子, 研究代表者
  競争的資金
• 二本鎖ＲＮＡ結合タンパク質ＴＲＢＰの遺伝子サイレンシングにおける機能　　　　　　　　　　　　　　　
  日本学術振興会, 科学研究費助成事業, 特別研究員奨励費, 2011年 - 2013年
  高橋 朋子, 東京大学
  配分額（総額）：1900000, 配分額（直接経費）：1900000
  The trans-activation response (TAR)-RNA binding protein (TRBP)は、ヒト免疫不全ウイルス(human immunodeficiency virus : HIV-1)の5'LTRにあるTARと呼ばれるステムループ型の二本鎖RNA領域に結合するタンパク質として同定された、二本鎖RNA結合タンパク質である。ヒトのTRBPは3つの二本鎖RNA結合ドメイン(double-stranded RNA binding domain : dsRBD)からなる。当研究室ではRNAi経路におけるsiRNAとタンパク質との相互作用を調べるために、siRNAを両末端から一塩基ずつ体系的にDNAに置換してRNAi活性を測定することで、siRNAガイド鎖の5'側1-8塩基目と、それと対合するパッセンジャー鎖の塩基をRNAi効果が減少することなく、DNAに置換することが出来ることを明らかにしている。ガイド鎖の5'側2-8塩基目はシードと呼ばれる領域で、ターゲットmRNAと塩基配列相補的に認識、対合する領域であるために、この領域はRNAi効果が減少することなく、DNAに置換することが出来ると考えられる。一方、シード以外の領域(非シード領域)はRNAi効果が減少することなくDNAに置換することが出来ないが、それは非シード領域がRNAであることが必須となる機能に関わる領域であると考えられた。そのような重要な機能として、二本鎖RNA結合タンパク質との相互作用が考えられた。本研究ではこの非シード領域とAgoやTRBPなどのRISCタンパク質との相互作用について検討した結果について考察した結果、この非シード領域は更に4つの領域(T, C, B, A)に分類できることを明らかにした。
  課題番号：11J08395