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ISHIMARU Yoshihiro
Material Science DivisionAssociate Professor
Department of Applied Chemistry

Performance information

■ MISC
  • ポルフィリン環をヒューズしたビスエチニルビロールの合成と構造               
    石丸 雄大
    Number:5(18年度), First page:535, Last page:536, 2007
  • ポルフィリン環をヒューズしたビスエチニルビロールの合成と構造               
    石丸 雄大
    総合研究機構研究プロジェクト研究成果報告書, Number:5(18年度), First page:535, Last page:536, 2007
  • Thermophilic glucokinase-based sensors for the detection of various saccharides and glycosides               
    K Aoki; H Suzuki; Y Ishimaru; S Toyama; Y Ikariyama; T Iida
    SENSORS AND ACTUATORS B-CHEMICAL, Volume:108, Number:1-2, First page:727, Last page:732, Jul. 2005
    Glucokinase from Bacillus stearothermophilus has an equal specificity for alpha- and beta-anomers of glucose and a higher selectivity for glucose than other glucokinases. It seems to be useful for construction of multienzymatic saccharide sensors. Novel saccharide and glucosidic glycoside sensors were developed using the glucokinase, saccharide hydrolases and an ion sensitive field effect transistor (ISFET). An approach to amperometric biosensor was also developed using glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PDH) from B. stearothermophilus and a porous platinum black electrode. For example, by combining with thermostable P-D-glucosidase, the sensor responds to some beta-D-glucosidic glycosides such as salicin, esculin and some saccharides such as cellobiose and lactose at 50 degrees C. Furthermore, thermophilic G6PDH immobilized onto the porous Pt black electrode worked as an amperometric biosensor for glucose-6-phosphate. These approaches revealed potential applications of the glucokinase to amperometric biosensors. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.
    ELSEVIER SCIENCE SA, English
    DOI:https://doi.org/10.1016/j.snb.2004.12.101
    DOI ID:10.1016/j.snb.2004.12.101, ISSN:0925-4005, CiNii Articles ID:80017387626, Web of Science ID:WOS:000230330300120
  • Determination of the capped site sequence of mRNA based on the detection of cap-dependent nucleotide addition using an anchor ligation method               
    H Ohtake; K Ohtoko; Y Ishimaru; S Kato
    DNA RESEARCH, Volume:11, Number:4, First page:305, Last page:309, Aug. 2004
    The sequence analysis of the 5' ends of cDNAs prepared using the anchor ligation method has revealed that most of the full-length cDNAs have an additional dGMP at their 5' end that is absent in the corresponding genome sequence. Using model RNA transcripts with cap analogues possessing 7-methylguanosine and adenosine, the base of the added nucleotide has been shown to be complementary to the base of the cap analogue, suggesting that the cDNAs possessing an additional dGMP are derived from intact mRNAs with the cap structure. On the other hand, cap-free RNA did not produce cDNA with an extra dGMP. These findings suggest that we can determine whether or not the cDNA starts from the capped site sequence of mRNA based on the presence or absence of an additional dGMP at the 5' end of the cDNA synthesized using the anchor ligation method. This approach will be useful to determine the capped site sequence of mRNA, thus, to identify transcription start sites.
    UNIVERSAL ACADEMY PRESS INC, English
    DOI:https://doi.org/10.1093/dnares/11.4.305
    DOI ID:10.1093/dnares/11.4.305, ISSN:1340-2838, CiNii Articles ID:80016909528, PubMed ID:15500255, Web of Science ID:WOS:000224288100008
  • Regio- and stereoselective reduction of intramolecular N-strapped porphyrins to phlorins               
    Y Ishimaru; S Sumida; T Iida
    TETRAHEDRON LETTERS, Volume:42, Number:3, First page:419, Last page:421, Jan. 2001
    Intramolecular N-strapped porphyrins were successfully reduced to N-alkyl phlorins regio- and stereoselectively. (C) 2001 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.
    PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, English
    DOI:https://doi.org/10.1016/S0040-4039(00)01980-8
    DOI ID:10.1016/S0040-4039(00)01980-8, ISSN:0040-4039, CiNii Articles ID:80012130415, Web of Science ID:WOS:000166392000014
  • Synthesis of vinylene-Co,N-linked multi(porphyrin)s by the addition of free-base porphyrins to a C2H2 complex of cobalt(III) porphyrin and their oxidative rearrangement to vinylene-N,N '-linked multi(porphyrin)s               
    J Setsune; H Takeda; S Ito; Y Saito; Y Ishimaru; K Fukuhara; Y Saito; T Kitao; T Adachi
    INORGANIC CHEMISTRY, Volume:37, Number:9, First page:2235, Last page:2246, May 1998
    The nucleophilic addition reaction of a pyrrole nitrogen of free-base porphyrins to a pi-complexed acetylene ligand in a cationic Co-III porphyrin intermediate afforded good yields of vinylene-Co,N'-linked bis(porphyrin)s, (Por)Co-III-CH=CH-(N-Por)H-2. N-substituted porphyrin free bases are N-vinylated regioselectively at the pyrrole adjacent to the original N-substituted pyrrole in this reaction. Tris- and tetrakis(porphyrin)s have been prepared by reacting a vinylene-N,N'-linked bis(meso-tetraarylporphyrin) with (OEP)Co-III(H2O)(2)ClO4 (OEP: octaethylporphyrin dianion) and acetylene. The tetrakis!porphyrin) proved to be a 1:1 mixture of C-i- and C-2-symmetric regioisomers. These organometallic Co-III complexes underwent facile oxidative migration of the Co-bound vinyl group to a porphyrin pyrrole nitrogen when treated with Fe-III salts or HClO4 to provide moderate to good yields of Co-II vinylene-N,N'-linked multi(porphyrin) complexes. (Vinylene-N,N')bis(porphyrin) free bases with combinations of different porphyrins have been obtained by this procedure. The homobinuclear (2Co(II), 2Cu(II), and 2Zn(II)) and heterobinuclear ((CoCuII)-Cu-II and (CoZnII)-Zn-II) complexes have been prepared and characterized spectroscopically. The single-crystal X-ray analysis of (CH=CH-N,N')[(OEP)(CoCl)-Cl-II][(TPP)(ZnCl)-Cl-II] (TPP: meso-tetraphenylporphyrin dianion) showed a face-to-face structure with an average inter-ring separation of 4.39 Angstrom (triclinic P (1) over bar; Z = 2; a = 14.806(4), b = 18.703(10), c = 13.796(3) Angstrom, alpha = 97.69(3), beta = 99.57(2), gamma = 96.74(3)degrees).
    AMER CHEMICAL SOC, English
    DOI:https://doi.org/10.1021/ic970770k
    DOI ID:10.1021/ic970770k, ISSN:0020-1669, CiNii Articles ID:80010318293, PubMed ID:11670380, Web of Science ID:WOS:000073506700023
  • Synthesis of vinylene-Co,N-linked multi(porphyrin)s by the addition of free-base porphyrins to a C2H2 complex of cobalt(III) porphyrin and their oxidative rearrangement to vinylene-N,N '-linked multi(porphyrin)s               
    J Setsune; H Takeda; S Ito; Y Saito; Y Ishimaru; K Fukuhara; Y Saito; T Kitao; T Adachi
    INORGANIC CHEMISTRY, Volume:37, Number:9, First page:2235, Last page:2246, May 1998
    The nucleophilic addition reaction of a pyrrole nitrogen of free-base porphyrins to a pi-complexed acetylene ligand in a cationic Co-III porphyrin intermediate afforded good yields of vinylene-Co,N'-linked bis(porphyrin)s, (Por)Co-III-CH=CH-(N-Por)H-2. N-substituted porphyrin free bases are N-vinylated regioselectively at the pyrrole adjacent to the original N-substituted pyrrole in this reaction. Tris- and tetrakis(porphyrin)s have been prepared by reacting a vinylene-N,N'-linked bis(meso-tetraarylporphyrin) with (OEP)Co-III(H2O)(2)ClO4 (OEP: octaethylporphyrin dianion) and acetylene. The tetrakis!porphyrin) proved to be a 1:1 mixture of C-i- and C-2-symmetric regioisomers. These organometallic Co-III complexes underwent facile oxidative migration of the Co-bound vinyl group to a porphyrin pyrrole nitrogen when treated with Fe-III salts or HClO4 to provide moderate to good yields of Co-II vinylene-N,N'-linked multi(porphyrin) complexes. (Vinylene-N,N')bis(porphyrin) free bases with combinations of different porphyrins have been obtained by this procedure. The homobinuclear (2Co(II), 2Cu(II), and 2Zn(II)) and heterobinuclear ((CoCuII)-Cu-II and (CoZnII)-Zn-II) complexes have been prepared and characterized spectroscopically. The single-crystal X-ray analysis of (CH=CH-N,N')[(OEP)(CoCl)-Cl-II][(TPP)(ZnCl)-Cl-II] (TPP: meso-tetraphenylporphyrin dianion) showed a face-to-face structure with an average inter-ring separation of 4.39 Angstrom (triclinic P (1) over bar; Z = 2; a = 14.806(4), b = 18.703(10), c = 13.796(3) Angstrom, alpha = 97.69(3), beta = 99.57(2), gamma = 96.74(3)degrees).
    AMER CHEMICAL SOC, English
    DOI:https://doi.org/10.1021/ic970770k
    DOI ID:10.1021/ic970770k, ISSN:0020-1669, CiNii Articles ID:80010318293, PubMed ID:11670380, Web of Science ID:WOS:000073506700023
■ Books and other publications
  • 石丸雄大、青木一仁、飯田武揚 糖鎖科学の新展開               
    2005
  • 石丸雄大、青木一仁、飯田武揚 糖鎖科学の新展開               
    NTS, 2005
■ Lectures, oral presentations, etc.
  • 種々の空間距離を持つシクロデキストリン二量体及び三量体の合成とその高分子包接               
    2008
  • トリアゾール基を持ったシクロデキストリンの合成とその構造制御               
    2008
  • トリアゾール基を持ったシクロデキストリンの合成と構造               
    2008
  • ジインで架橋したピロールフューズドポルフィリン二量体の合成               
    2008
  • 3種類のシクロデキストリン三量体の合成とその高分子包接               
    2008
  • 種々の空間距離を持つシクロデキストリン二量体及び三量体の合成とその高分子包接               
    第3回ホスト・ゲスト化学シンポジウム講演予稿集, 2008
  • トリアゾール基を持ったシクロデキストリンの合成とその構造制御               
    第3回ホスト・ゲスト化学シンポジウム講演要旨集, 2008
  • トリアゾール基を持ったシクロデキストリンの合成と構造               
    日本化学会88春季年会, 2008
  • ジインで架橋したピロールフューズドポルフィリン二量体の合成               
    日本化学会88春季年会, 2008
  • 3種類のシクロデキストリン三量体の合成とその高分子包接               
    日本化学会88春季年会, 2008
  • α-シクロデキストリンの反応性と二量体合成               
    2007
  • 種々の空間距離を持つシクロデキストリン多量体の合成とその高分子包接               
    2007
  • Reactivity of α-cyclodextrin; Synthesis of three type of α-cyclodextrin dimers               
    2007
    Poster presentation
  • シクロデキストリン多量体の合成とその包接能               
    2007
  • クラウンエーテル骨格を持つカリックスピロールの合成と物性               
    2007
  • α-シクロデキストリンの反応性と二量体合成               
    第25回シクロデキストリンシンポジウム予稿集, 2007
  • 種々の空間距離を持つシクロデキストリン多量体の合成とその高分子包接               
    第2回ホスト・ゲスト化学シンポジウム予稿集, 2007
  • Reactivity of α-cyclodextrin; Synthesis of three type of α-cyclodextrin dimers               
    ACC2007, 2007
    Poster presentation
  • シクロデキストリン多量体の合成とその包接能               
    日本化学会87春季年会予稿集, 2007
  • クラウンエーテル骨格を持つカリックスピロールの合成と物性               
    日本化学会87春季年会予稿集, 2007
  • シクロデキストリン四量体の合成と構造               
    2006
    Poster presentation
  • シクロデキストリン多量体による高分子包接               
    2006
  • Face-to-edge型シクロデキストリン二量体ライブラリーの合成と特性               
    2006
  • シクロデキストリン多量体とその包接能               
    2006
  • クラウンエーテル骨格を持つカリックスピロールの合成               
    2006
  • 硫黄架橋構造を持つビピロールの合成               
    2006
  • ポルフィリン骨格を持つカリックスピロールの合成               
    2006
  • シクロデキストリン四量体の合成と構造               
    第24回シクロデキストリンシンポジウム予稿集, 2006
    Poster presentation
  • シクロデキストリン多量体による高分子包接               
    第24回シクロデキストリンシンポジウム予稿集, 2006
  • Face-to-edge型シクロデキストリン二量体ライブラリーの合成と特性               
    第1回ホスト・ゲスト化学シンポジウム予稿集, 2006
  • シクロデキストリン多量体とその包接能               
    日本化学会86春季年会予稿集, 2006
  • クラウンエーテル骨格を持つカリックスピロールの合成               
    日本化学会86春季年会予稿集, 2006
  • 硫黄架橋構造を持つビピロールの合成               
    日本化学会86春季年会予稿集, 2006
  • ポルフィリン骨格を持つカリックスピロールの合成               
    日本化学会86春季年会予稿集, 2006
  • 直接結合型Edge-to-edgeシクロデキストリン二量体の合成と構造               
    2005
  • Library of Cyclodextrin Dimers: Synthesis and Inclusion Ability               
    2005
  • シクロデキストリン二量体の機能化               
    2005
  • 分子内N-架橋型ポルフィリンの反応性               
    2005
  • アゾ基で連結されたポルフィリンの合成並びに反応性               
    2005
  • シクロデキストリン二量体ライブラリーの構築               
    2005
  • 直接結合型Edge-to-edgeシクロデキストリン二量体の合成と構造               
    第23回シクロデキストリン学会予稿集, 2005
  • Library of Cyclodextrin Dimers: Synthesis and Inclusion Ability               
    第三回アジアシクロデキストリン国際会議予稿集, 2005
  • シクロデキストリン二量体の機能化               
    日本化学会85春季年会, 2005
  • 分子内N-架橋型ポルフィリンの反応性               
    日本化学会85春季年会, 2005
  • アゾ基で連結されたポルフィリンの合成並びに反応性               
    日本化学会85春季年会, 2005
  • シクロデキストリン二量体ライブラリーの構築               
    日本化学会85春季年会, 2005
  • Face-to-edge型シクロデキストリン二量体の合成と物性               
    2004
    Poster presentation
  • 種々のシクロデキストリン二量体の合成と物性               
    2004
    Poster presentation
  • アゾ基で連結したコバルト(Ⅲ)ポルフィリン二量体の合成と反応性               
    2004
  • ナフタレン部位を持つシクロデキストリン二量体の合成と物性(2)               
    2004
    Poster presentation
  • Face-to-edge型シクロデキストリン二量体の合成と物性               
    第84回日本化学会春季年会予稿集, 2004
    Poster presentation
  • 種々のシクロデキストリン二量体の合成と物性               
    第84回日本化学会春季年会予稿集, 2004
    Poster presentation
  • アゾ基で連結したコバルト(Ⅲ)ポルフィリン二量体の合成と反応性               
    第84回日本化学会春季年会予稿集, 2004
  • ナフタレン部位を持つシクロデキストリン二量体の合成と物性(2)               
    第84回日本化学会春季年会予稿集, 2004
    Poster presentation
■ Research projects
  • -               
    Competitive research funding
  • -               
    Competitive research funding
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