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海老根 一生（エビネ カズオ）
| 理工学研究科 生命科学部門 | 准教授（特定プロジェクト教員） |
| 理学部 分子生物学科 |
研究者情報
■ 学位■ 研究分野
■ 経歴
業績情報
■ 論文- Neofunctionalization of VAMP7 opened up a plant-unique vacuolar transport pathway
Masaru Fujimoto; Yutaro Shimizu; Yoko Ito; Kazuo Ebine; Naoki Minamino; Takehiko Kanazawa; Yoichiro Fukao; Akihiko Nakano; Tomohiro Uemura; Takashi Ueda
Current Biology, 2025年05月, ［査読有り］
Elsevier BV, 英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1016/j.cub.2025.04.062
DOI ID：10.1016/j.cub.2025.04.062, ISSN：0960-9822, PubMed ID：40367944, 共同研究・競争的資金等ID：33075853 - Characterization of Subcellular Dynamics of Sterol Methyltransferases Clarifies Defective Cell Division in smt2 smt3, a C-24 Ethyl Sterol-Deficient Mutant of Arabidopsis.
Daisaku Ohta; Ayaka Fuwa; Yuka Yamaroku; Kazuki Isobe; Masatoshi Nakamoto; Atsushi Okazawa; Takumi Ogawa; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Pierre Mercier; Hubert Schaller
Biomolecules, 巻：14, 号：7, 2024年07月, ［国際誌］
An Arabidopsis sterol mutant, smt2 smt3, defective in sterolmethyltransferase2 (SMT2), exhibits severe growth abnormalities. The loss of C-24 ethyl sterols, maintaining the biosynthesis of C-24 methyl sterols and brassinosteroids, suggests specific roles of C-24 ethyl sterols. We characterized the subcellular localizations of fluorescent protein-fused sterol biosynthetic enzymes, such as SMT2-GFP, and found these enzymes in the endoplasmic reticulum during interphase and identified their movement to the division plane during cytokinesis. The mobilization of endoplasmic reticulum-localized SMT2-GFP was independent of the polarized transport of cytokinetic vesicles to the division plane. In smt2 smt3, SMT2-GFP moved to the abnormal division plane, and unclear cell plate ends were surrounded by hazy structures from SMT2-GFP fluorescent signals and unincorporated cellulose debris. Unusual cortical microtubule organization and impaired cytoskeletal function accompanied the failure to determine the cortical division site and division plane formation. These results indicated that both endoplasmic reticulum membrane remodeling and cytokinetic vesicle transport during cytokinesis were impaired, resulting in the defects of cell wall generation. The cell wall integrity was compromised in the daughter cells, preventing the correct determination of the subsequent cell division site. We discuss the possible roles of C-24 ethyl sterols in the interaction between the cytoskeletal network and the plasma membrane.
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.3390/biom14070868
DOI ID：10.3390/biom14070868, PubMed ID：39062582, PubMed Central ID：PMC11275053 - A bHLH heterodimer regulates germ cell differentiation in land plant gametophytes.
Misaki Saito; Ryosuke Momiki; Kazuo Ebine; Yoshihiro Yoshitake; Ryuichi Nishihama; Takuya Miyakawa; Takeshi Nakano; Nobutaka Mitsuda; Takashi Araki; Takayuki Kohchi; Shohei Yamaoka
Current biology : CB, 2023年09月, ［国際誌］
Land plants are a monophyletic group of photosynthetic eukaryotes that diverged from streptophyte algae about 470 million years ago. During both the alternating haploid and diploid stages of the life cycle, land plants form multicellular bodies.1,2,3,4 The haploid multicellular body (gametophyte) produces progenitor cells that give rise to gametes and the reproductive organs.5,6,7,8 In the liverwort Marchantia polymorpha, differentiation of the initial cells of gamete-producing organs (gametangia) from the gametophyte is regulated by MpBONOBO (MpBNB), a member of the basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor subfamily VIIIa. In Arabidopsis thaliana, specification of generative cells in developing male gametophytes (pollen) requires redundant action of BNB1 and BNB2.9 Subfamily XI bHLHs, such as LOTUS JAPONICUS ROOTHAIRLESS LIKE1 (LRL1)/DEFECTIVE REGION OF POLLEN1 (DROP1) and LRL2/DROP2 in A. thaliana and the single LRL/DROP protein MpLRL in M. polymorpha, are the evolutionarily conserved regulators of rooting system development.10 Although the role of LRL1/DROP1 and LRL2/DROP2 in gametogenesis remains unclear, their loss leads to the formation of abnormal pollen devoid of sperm cells.11 Here, we show that BNBs and LRL/DROPs co-localize to gametophytic cell nuclei and form heterodimers. LRL1/DROP1 and LRL2/DROP2 act redundantly to regulate BNB expression for generative cell specification in A. thaliana after asymmetric division of the haploid microspore. MpLRL is required for differentiation of MpBNB-expressing gametangium initial cells in M. polymorpha gametophytes. Our findings suggest that broadly expressed LRL/DROP stabilizes BNB expression, leading to the formation of an evolutionarily conserved bHLH heterodimer, which regulates germ cell differentiation in the haploid gametophyte of land plants.
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1016/j.cub.2023.09.020
DOI ID：10.1016/j.cub.2023.09.020, PubMed ID：37776860 - The SYP123-VAMP727 SNARE complex delivers secondary cell wall components for root hair shank hardening in Arabidopsis.
Tomoko Hirano; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Takumi Higaki; Takahiro Watanabe-Nakayama; Hiroki Konno; Hisako Takigawa-Imamura; Masa H Sato
The Plant cell, 2023年09月, ［国際誌］
The extended tubular shape of root hairs is established by tip growth and concomitant hardening. Here, we demonstrate that a syntaxin of plants (SYP)123-vesicle-associated membrane protein (VAMP)727-dependent secretion system delivers secondary cell wall components for hardening the subapical zone and shank of Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) root hairs. We found increased SYP123 localization at the plasma membrane of the subapical and shank zones compared to the tip region in elongating root hairs. Inhibition of phosphatidylinositol (PtdIns)(3,5)P2 production impaired SYP123 localization at the plasma membrane and SYP123-mediated root hair shank hardening. Moreover, root hair elongation in the syp123 mutant was insensitive to a PtdIns(3,5)P2 synthesis inhibitor. SYP123 interacts with both VAMP721 and VAMP727. syp123 and vamp727 mutants exhibited reduced shank cell wall stiffness due to impaired secondary cell wall component deposition. Based on these results, we conclude that SYP123 is involved in VAMP721-mediated conventional secretion for root hair elongation as well as in VAMP727-mediated secretory functions for the delivery of secondary cell wall components to maintain root hair tubular morphology.
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1093/plcell/koad240
DOI ID：10.1093/plcell/koad240, PubMed ID：37713604 - Membrane trafficking functions of the ANTH/ENTH/VHS domain-containing proteins in plants.
Yihong Feng; Takuma Hiwatashi; Naoki Minamino; Kazuo Ebine; Takashi Ueda
FEBS letters, 2022年05月, ［国際誌］
Subcellular localization of proteins acting on the endomembrane system is primarily regulated via membrane trafficking. To obtain and maintain the correct protein composition of the plasma membrane and membrane-bound organelles, the loading of selected cargos into transport vesicles is critically regulated at donor compartments by adaptor proteins binding to the donor membrane, the cargo molecules, and the coat-protein complexes, including the clathrin coat. The ANTH/ENTH/VHS domain-containing protein superfamily generally comprises a structurally related ENTH, ANTH, or VHS domain in the N-terminal region and a variable C-terminal region, which is thought to act as an adaptor during transport vesicle formation. This protein family is involved in various plant processes, including pollen tube growth, abiotic stress response, and development. In this review, we provide an overview of the recent findings on ANTH/ENTH/VHS domain-containing proteins in plants.
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1002/1873-3468.14368
DOI ID：10.1002/1873-3468.14368, PubMed ID：35505466 - Phylogenetic distribution and expression pattern analyses identified a divergent basal body assembly protein involved in land plant spermatogenesis
Shizuka Koshimizu; Naoki Minamino; Tomoaki Nishiyama; Emiko Yoro; Kazuo Ebine; Keiko Sakakibara; Takashi Ueda; Kentaro Yano
The New phytologist, 巻：236, 号：3, 開始ページ：1182, 終了ページ：1196, 2021年07月, ［国際誌］Abstract Oogamy is a form of sexual reproduction and evolved independently in animals, fungi, and plants. In streptophyte plants, Charophyceae, Coleochaetophyceae, bryophytes, lycophytes, ferns (monilophytes), and some gymnosperms (Cycads and Ginkgo) utilize spermatozoids as the male gamete. Plant spermatozoids commonly possess characteristic structures such as the spline, which consists of a microtubule array, the multilayered structure (MLS) in which the uppermost layer is continuum of the spline, and multiple flagella. However, the molecular mechanisms underpinning plant spermatogenesis remain to be elucidated. To identify the genes involved in plant spermatogenesis, we performed computational analyses and successfully found deeply divergentBLD10 s by combining multiple methods and omics-data. We then validated the functions of candidate genes in the liverwortMarchantia polymorpha and the mossPhyscomitrium patens and found that MpBLD10 and PpBLD10 are required for normal basal body and flagella formation. Mpbld10 mutants exhibited defects in remodeling of the cytoplasm and nucleus during spermatozoid formation, thus MpBLD10 should be involved in chromatin reorganization and elimination of the cytoplasm during spermiogenesis. Streptophyte BLD10s are orthologous to BLD10/CEP135 family proteins, which function in basal body assembly, but we found that BLD10s evolved especially fast in land plants and MpBLD10 might obtain additional functions in spermatozoid formation through the fast molecular evolution. This study provides a successful example of combinatorial study from evolutionary and molecular genetic perspectives that elucidated a function of the key protein of the basal body formation that fast evolved in land plants.
Cold Spring Harbor Laboratory, 英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1101/2021.07.25.453666
DOI ID：10.1101/2021.07.25.453666, PubMed ID：35842793 - Remodeling of organelles and microtubules during spermiogenesis in the liverwort Marchantia polymorpha
Naoki Minamino; Takuya Norizuki; Shoji Mano; Kazuo Ebine; Takashi Ueda
Development (Cambridge, England), 巻：149, 号：15, 2021年07月, ［国際誌］
Gametogenesis is an essential biological event for sexual reproduction in various organisms. Bryophytes and some other plants employ motile sperms (spermatozoids) as male gametes, which self-locomote to the egg cells to accomplish fertilization. Spermatozoids of bryophytes harbor distinctive morphological characteristics, including the cell body with a helical slender shape and two motile flagella at the anterior edge. During transformation from a spermatid to spermatozoid (spermiogenesis), the shape and cellular contents of spermatids are dynamically reorganized. However, how each organelle is reorganized during plant spermiogenesis remains obscure. In this study, we classified the developmental processes during spermiogenesis in the liverwort Marchantia polymorpha according to cellular and nuclear shapes and flagella development. We then examined the remodeling of microtubules and reorganization of endomembrane organelles during spermiogenesis. The results indicate that the state of post-translational modification of tubulin is dynamically changed during the formation of the flagella and spline, and the plasma membrane and endomembrane organelles are drastically reorganized in a precisely regulated manner during spermiogenesis. These findings are expected to provide useful indexes to classify developmental and subcellular processes of spermiogenesis in bryophytes.
Cold Spring Harbor Laboratory, 英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1101/2021.07.10.451882
DOI ID：10.1101/2021.07.10.451882, PubMed ID：35924955 - Cargo sorting zones in the trans-Golgi network visualized by super-resolution confocal live imaging microscopy in plants.
Yutaro Shimizu; Junpei Takagi; Emi Ito; Yoko Ito; Kazuo Ebine; Yamato Komatsu; Yumi Goto; Mayuko Sato; Kiminori Toyooka; Takashi Ueda; Kazuo Kurokawa; Tomohiro Uemura; Akihiko Nakano
Nature communications, 巻：12, 号：1, 開始ページ：1901, 終了ページ：1901, 2021年03月, ［国際誌］
The trans-Golgi network (TGN) has been known as a key platform to sort and transport proteins to their final destinations in post-Golgi membrane trafficking. However, how the TGN sorts proteins with different destinies still remains elusive. Here, we examined 3D localization and 4D dynamics of TGN-localized proteins of Arabidopsis thaliana that are involved in either secretory or vacuolar trafficking from the TGN, by a multicolor high-speed and high-resolution spinning-disk confocal microscopy approach that we developed. We demonstrate that TGN-localized proteins exhibit spatially and temporally distinct distribution. VAMP721 (R-SNARE), AP (adaptor protein complex)-1, and clathrin which are involved in secretory trafficking compose an exclusive subregion, whereas VAMP727 (R-SNARE) and AP-4 involved in vacuolar trafficking compose another subregion on the same TGN. Based on these findings, we propose that the single TGN has at least two subregions, or "zones", responsible for distinct cargo sorting: the secretory-trafficking zone and the vacuolar-trafficking zone.
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-021-22267-0
DOI ID：10.1038/s41467-021-22267-0, PubMed ID：33772008, PubMed Central ID：PMC7997971 - The SYP123-VAMP727 SNARE complex is involved in the delivery of inner cell wall components to the root hair shank in Arabidopsis
Tomoko Hirano; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Takumi Higaki; Takahiro Nakayama; Hiroki Konno; Hisako Takigawa-Imamura; Masa H. Sato
2020年12月Abstract A root hair is a long tubular protrusion from a root hair cell established via tip growth, which is accomplished by the polarized deposition of membranous and cell wall components at the root hair apex accompanied by simultaneous hardening of the shank. The polarized secretion of materials to the root hair apex is well investigated; however, little is known about the deposition of inner cell wall materials at the root hair shank. We have previously reported that phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate (PtdIns(3,5)P2)/ROP10 signaling is required for the regulation of cortical microtubule construction and the deposition of inner cell wall components at the root hair shank during hardening. To unravel the alternate secretion mechanism for delivery of the inner cell wall components to root hair shank, here, we demonstrate that root hair-specific Qa-SNARE, SYP123, localizes to the subapical zone and shank of elongating root hairs in Arabidopsis. SYP123-mediated root hair elongation was inhibited by the FAB1 inhibitor YM201636, and inhibition of PtdIns(3,5)P2 production impaired the plasma membrane localization of SYP123. We also showed that SYP123 forms a SNARE complex with VAMP727 on the plasma membrane, andsyp123 andvamp727 mutants exhibited lower cell wall stiffness in the root hair shank because of impaired deposition of inner cell wall components. These results indicate that SYP123/VAMP727-mediated secretion is involved in the transport of inner cell wall components for hardening of the root hair shank.
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI：https://doi.org/10.1101/2020.12.28.424500
DOI ID：10.1101/2020.12.28.424500 - The liverwort oil body is formed by redirection of the secretory pathway.
Takehiko Kanazawa; Hatsune Morinaka; Kazuo Ebine; Takashi L Shimada; Sakiko Ishida; Naoki Minamino; Katsushi Yamaguchi; Shuji Shigenobu; Takayuki Kohchi; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
Nature communications, 巻：11, 号：1, 開始ページ：6152, 終了ページ：6152, 2020年12月, ［国際誌］
Eukaryotic cells acquired novel organelles during evolution through mechanisms that remain largely obscure. The existence of the unique oil body compartment is a synapomorphy of liverworts that represents lineage-specific acquisition of this organelle during evolution, although its origin, biogenesis, and physiological function are yet unknown. We find that two paralogous syntaxin-1 homologs in the liverwort Marchantia polymorpha are distinctly targeted to forming cell plates and the oil body, suggesting that these structures share some developmental similarity. Oil body formation is regulated by an ERF/AP2-type transcription factor and loss of the oil body increases M. polymorpha herbivory. These findings highlight a common strategy for the acquisition of organelles with distinct functions in plants, via periodical redirection of the secretory pathway depending on cellular phase transition.
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/s41467-020-19978-1
DOI ID：10.1038/s41467-020-19978-1, PubMed ID：33262353, PubMed Central ID：PMC7708844 - Longin R-SNARE is retrieved from the plasma membrane by ANTH domain-containing proteins in Arabidopsis
Masaru Fujimoto; Kazuo Ebine; Kohji Nishimura; Nobuhiro Tsutsumi; Takashi Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences, 開始ページ：202011152, 終了ページ：202011152, 2020年09月, ［査読有り］
The plasma membrane (PM) acts as the interface between intra- and extracellular environments and exhibits a tightly regulated molecular composition. The composition and amount of PM proteins are regulated by balancing endocytic and exocytic trafficking in a cargo-specific manner, according to the demands of specific cellular states and developmental processes. In plant cells, retrieval of membrane proteins from the PM depends largely on clathrin-mediated endocytosis (CME). However, the mechanisms for sorting PM proteins during CME remain ambiguous. In this study, we identified a homologous pair of ANTH domain-containing proteins, PICALM1a and PICALM1b, as adaptor proteins for CME of the secretory vesicle-associated longin-type R-SNARE VAMP72 group. PICALM1 interacted with the SNARE domain of VAMP72 and clathrin at the PM. The loss of function of PICALM1 resulted in faulty retrieval of VAMP72, whereas general endocytosis was not considerably affected by this mutation. The double mutant ofPICALM1 exhibited impaired vegetative development, indicating the requirement of VAMP72 recycling for normal plant growth. In the mammalian system, VAMP7, which is homologous to plant VAMP72, is retrieved from the PM via the interaction with a clathrin adaptor HIV Rev-binding protein in the longin domain during CME, which is not functional in the plant system, whereas retrieval of brevin-type R-SNARE members is dependent on a PICALM1 homolog. These results indicate that ANTH domain-containing proteins have evolved to be recruited distinctly for recycling R-SNARE proteins and are critical to eukaryote physiology.
Proceedings of the National Academy of Sciences, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.2011152117
DOI ID：10.1073/pnas.2011152117, ISSN：0027-8424, eISSN：1091-6490, ORCID：80891293 - Deep Imaging Analysis in VISUAL Reveals the Role of YABBY Genes in Vascular Stem Cell Fate Determination.
Alif Meem Nurani; Yasuko Ozawa; Tomoyuki Furuya; Yuki Sakamoto; Kazuo Ebine; Sachihiro Matsunaga; Takashi Ueda; Hiroo Fukuda; Yuki Kondo
Plant & cell physiology, 巻：61, 号：2, 開始ページ：255, 終了ページ：264, 2020年02月, ［査読有り］, ［国内誌］
Stem cells undergo cell division and differentiation to ensure organized tissue development. Because plant cells are immobile, plant stem cells ought to decide their cell fate prior to differentiation, to locate specialized cells in the correct position. In this study, based on a chemical screen, we isolated a novel secondary cell wall indicator BF-170, which binds to lignin and can be used to image in vitro and in situ xylem development. Use of BF-170 to observe the vascular differentiation pattern in the in vitro vascular cell induction system, VISUAL, revealed that adaxial mesophyll cells of cotyledons predominantly generate ectopic xylem cells. Moreover, phloem cells are abundantly produced on the abaxial layer, suggesting the involvement of leaf adaxial-abaxial polarity in determining vascular cell fate. Analysis of abaxial polarity mutants highlighted the role of YAB3, an abaxial cell fate regulator, in suppressing xylem and promoting phloem differentiation on the abaxial domains in VISUAL. Furthermore, YABBY family genes affected in vivo vascular development during the secondary growth. Our results denoted the possibility that such mediators of spatial information contribute to correctly determine the cell fate of vascular stem cells, to conserve the vascular pattern of land plants.
英語
DOI：https://doi.org/10.1093/pcp/pcaa002
DOI ID：10.1093/pcp/pcaa002, PubMed ID：31922574 - Enrichment of Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate in the Extra-Invasive Hyphal Membrane Promotes Colletotrichum Infection of Arabidopsis thaliana.
Takashi L Shimada; Shigeyuki Betsuyaku; Noriko Inada; Kazuo Ebine; Masaru Fujimoto; Tomohiro Uemura; Yoshitaka Takano; Hiroo Fukuda; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
Plant & cell physiology, 巻：60, 号：7, 開始ページ：1514, 終了ページ：1524, 2019年07月, ［査読有り］, ［国内誌］
Pathogenic fungi from the genus Colletotrichum form invasive hyphae; the hyphae are surrounded by an extra-invasive hyphal membrane (EIHM), which is continuous with the plant plasma membrane. Although the EIHM plays a crucial role as the interface between plant and fungal cells, its precise function during Colletotrichum infection remains elusive. Here, we show that enrichment of phosphoinositides (PIs) has a crucial role in Colletotrichum infection. We observed the localization of PIs in Arabidopsis thaliana cells infected by A. thaliana-adapted Colletotrichum higginsianum (Ch), and found that phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate [PI(4,5)P2] was extremely enriched in the EIHM during Ch infection. We also found that phosphatidylinositol 4-phosphate-5 kinase (PIP5K), which catalyzes production of PI(4,5)P2, also accumulated at the EIHM. The overexpression of PIP5K3 in A. thaliana increased hyphal invasion by Ch. An exocytic factor, EXO84b, was targeted to the EIHM during Ch infection, although endocytic factors such as CLATHRIN LIGHT CHAIN 2 and FLOTILLIN 1 did not. Intriguingly, the interfacial membranes between A. thaliana and powdery mildew- or downy mildew-causing pathogens did not accumulate PI(4,5)P2. These results suggest that Ch could modify the PI(4,5)P2 levels in the EIHM to increase the exocytic membrane/protein supply of the EIHM for successful infection. Our results also suggest that PI(4,5)P2 biosynthesis is a promising target for improved defense against Colletotrichum infection.
英語
DOI：https://doi.org/10.1093/pcp/pcz058
DOI ID：10.1093/pcp/pcz058, PubMed ID：30989198 - Transcriptional switch for programmed cell death in pith parenchyma of sorghum stems.
Masaru Fujimoto; Takashi Sazuka; Yoshihisa Oda; Hiroyuki Kawahigashi; Jianzhong Wu; Hideki Takanashi; Takayuki Ohnishi; Jun-Ichi Yoneda; Motoyuki Ishimori; Hiromi Kajiya-Kanegae; Ken-Ichiro Hibara; Fumiko Ishizuna; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Tsuyoshi Tokunaga; Hiroyoshi Iwata; Takashi Matsumoto; Shigemitsu Kasuga; Jun-Ichi Yonemaru; Nobuhiro Tsutsumi
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 巻：115, 号：37, 開始ページ：E8783-E8792, 終了ページ：E8792, 2018年09月, ［査読有り］, ［国際誌］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.1807501115
DOI ID：10.1073/pnas.1807501115, ORCID：50019891, PubMed ID：30150370, PubMed Central ID：PMC6140496, SCOPUS ID：85053035451 - ANTH domain-containing proteins are required for the pollen tube plasma membrane integrity via recycling ANXUR kinases.
Muro K; Matsuura-Tokita K; Tsukamoto R; Kanaoka MM; Ebine K; Higashiyama T; Nakano A; Ueda T
Communications biology, 巻：1, 2018年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/s42003-018-0158-8
DOI ID：10.1038/s42003-018-0158-8, eISSN：2399-3642, ORCID：50019969, PubMed ID：30272028, PubMed Central ID：PMC6158268, Web of Science ID：WOS:000461126500152 - RAB GTPases in the Basal Land Plant Marchantia polymorpha
Naoki Minamino; Takehiko Kanazawa; Atsuko Era; Kazuo Ebine; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
Plant and Cell Physiology, 巻：59, 号：4, 開始ページ：845, 終了ページ：856, 2018年04月, ［査読有り］
Oxford University Press, 英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1093/pcp/pcy027
DOI ID：10.1093/pcp/pcy027, ISSN：1471-9053, ORCID：50019878, SCOPUS ID：85045524602 - Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis
Kodai Takemoto; Kazuo Ebine; Jana Christin Askani; Falco Krüger; Zaida Andrés Gonzalez; Emi Ito; Tatsuaki Goh; Karin Schumacher; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 巻：115, 号：10, 開始ページ：E2457, 終了ページ：E2466, 2018年03月, ［査読有り］
National Academy of Sciences, 英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.1717839115
DOI ID：10.1073/pnas.1717839115, ISSN：1091-6490, ORCID：50019890, SCOPUS ID：85042903326 - Integration of two RAB5 groups during endosomal transport in plants
Ito E; Ebine K; Choi S.-W; Ichinose S; Uemura T; Nakano A; Ueda T
eLife, 巻：7, 2018年, ［査読有り］
DOI：https://doi.org/10.7554/eLife.34064.001
DOI ID：10.7554/eLife.34064.001, ORCID：50019904, SCOPUS ID：85051951897 - Triphosphate Tunnel Metalloenzyme Function in Senescence Highlights a Biological Diversification of This Protein Superfamily
Huoi Ung; Purva Karia; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Keiko Yoshioka; Wolfgang Moeder
PLANT PHYSIOLOGY, 巻：175, 号：1, 開始ページ：473, 終了ページ：485, 2017年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1104/pp.17.00700
DOI ID：10.1104/pp.17.00700, ISSN：0032-0889, eISSN：1532-2548, ORCID：50019897, SCOPUS ID：85029233944, Web of Science ID：WOS:000408792200036 - Constitutive activation of plant-specific RAB5 GTPase confers increased resistance against adapted powdery mildew fungus
Noriko Inada; Kazuo Ebine; Emi Ito; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
PLANT BIOTECHNOLOGY, 巻：34, 号：2, 開始ページ：89, 終了ページ：95, 2017年06月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.17.0501a
DOI ID：10.5511/plantbiotechnology.17.0501a, ISSN：1342-4580, ORCID：50019903, SCOPUS ID：85021696796, Web of Science ID：WOS:000404743200003 - Modulation of Plant RAB GTPase-Mediated Membrane Trafficking Pathway at the Interface Between Plants and Obligate Biotrophic Pathogens
Noriko Inada; Shigeyuki Betsuyaku; Takashi L. Shimada; Kazuo Ebine; Emi Ito; Natsumaro Kutsuna; Seiichiro Hasezawa; Yoshitaka Takano; Hiroo Fukuda; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 巻：57, 号：9, 開始ページ：1854, 終了ページ：1864, 2016年09月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1093/pcp/pcw107
DOI ID：10.1093/pcp/pcw107, ISSN：0032-0781, eISSN：1471-9053, ORCID：50019889, SCOPUS ID：84988407826, Web of Science ID：WOS:000384717400005 - Plasmodium Rab5b is secreted to the cytoplasmic face of the tubovesicular network in infected red blood cells together with N-acylated adenylate kinase 2
Kazuo Ebine; Makoto Hirai; Miako Sakaguchi; Kazuhide Yahata; Osamu Kaneko; Yumiko Saito-Nakano
MALARIA JOURNAL, 巻：15, 号：1, 2016年06月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1186/s12936-016-1377-4
DOI ID：10.1186/s12936-016-1377-4, ISSN：1475-2875, ORCID：50019887, SCOPUS ID：84975815488, Web of Science ID：WOS:000378829700001 - AtNHX5 and AtNHX6 Are Required for the Subcellular Localization of the SNARE Complex That Mediates the Trafficking of Seed Storage Proteins in Arabidopsis
Xuexia Wu; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Quan-Sheng Qiu
PLOS ONE, 巻：11, 号：3, 2016年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1371/journal.pone.0151658
DOI ID：10.1371/journal.pone.0151658, ISSN：1932-6203, ORCID：50019899, SCOPUS ID：84978151448, Web of Science ID：WOS:000372580300106 - Roles of membrane trafficking in plant cell wall dynamics
Kazuo Ebine; Takashi Ueda
Frontiers in Plant Science, 巻：6, 号：OCTOBER, 2015年10月, ［査読有り］
英語
DOI：https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00878
DOI ID：10.3389/fpls.2015.00878, ISSN：1664-462X, ORCID：50019879, SCOPUS ID：84947445699, Web of Science ID：WOS:000364344600001 - 細胞壁の構築・維持と膜交通システム(<特集>情報処理システムとしての植物細胞壁)
海老根 一生; 上田 貴志
植物の生長調節, 巻：50, 号：1, 開始ページ：43, 終了ページ：49, 2015年
<p>The cell wall is a characteristic component of plant cells, whose structure and composition vary depending on the cell type, developmental stage, and environmental condition. For construction and proper modulation of the cell wall, a vast number of proteins and polysaccharides should be transported to the plasma membrane and/or the extracellular space correctly. The delivery of these materials depends on the membrane trafficking system, a key mechanism of intracellular transport connecting single-membrane bounded organelles and the extracellular space. Although molecular mechanisms of membrane trafficking are largely conserved in eukaryotic lineages, plants could have developed unique trafficking mechanisms to construct the cell wall and maintain its integrity, given the plant-specific nature of the cell wall. In this review, we summarize recent progress in the field of membrane trafficking in plant cells, especially focusing on the cell wall.</p>
一般社団法人 植物化学調節学会, 日本語
DOI：https://doi.org/10.18978/jscrp.50.1_43
DOI ID：10.18978/jscrp.50.1_43, ISSN：1346-5406, CiNii Articles ID：110009969798, CiNii Books ID：AA11550064 - Plant Vacuolar Trafficking Occurs through Distinctly Regulated Pathways
Kazuo Ebine; Takeshi Inoue; Jun Ito; Emi Ito; Tomohiro Uemura; Tatsuaki Goh; Hiroshi Abe; Ken Sato; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
CURRENT BIOLOGY, 巻：24, 号：12, 開始ページ：1375, 終了ページ：1382, 2014年06月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.05.004
DOI ID：10.1016/j.cub.2014.05.004, ISSN：0960-9822, eISSN：1879-0445, ORCID：50019886, SCOPUS ID：84902684556, Web of Science ID：WOS:000337648200028 - Interactomics of Qa-SNARE in Arabidopsis thaliana
Masayuki Fujiwara; Tomohiro Uemura; Kazuo Ebine; Yuka Nishimori; Takashi Ueda; Akihiko Nakano; Masa H. Sato; Yoichiro Fukao
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 巻：55, 号：4, 開始ページ：781, 終了ページ：789, 2014年04月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1093/pcp/pcu038
DOI ID：10.1093/pcp/pcu038, ISSN：0032-0781, eISSN：1471-9053, ORCID：50019902, SCOPUS ID：84898905936, Web of Science ID：WOS:000334679500012 - Erratum: Generation of cell polarity in plants links endocytosis, auxin distribution and cell fate decisions (Nature (2008) 456 (962-966) DOI:10.1038/nature07409)
Dhonukshe P; Tanaka H; Goh T; Ebine K; M{\"a}h{\"o}nen A.P; Prasad K; Blilou I; Geldner N; Xu J; Uemura T; Chory J; Ueda T; Nakano A; Scheres B; Friml J
Nature, 巻：511, 号：7509, 開始ページ：370, 2014年, ［査読有り］
DOI：https://doi.org/10.1038/nature13549
DOI ID：10.1038/nature13549, ORCID：50019884, SCOPUS ID：84904409041 - RABA Members Act in Distinct Steps of Subcellular Trafficking of the FLAGELLIN SENSING2 Receptor
Seung-won Choi; Takayuki Tamaki; Kazuo Ebine; Tomohiro Uemura; Takashi Ueda; Akihiko Nakano
PLANT CELL, 巻：25, 号：3, 開始ページ：1174, 終了ページ：1187, 2013年03月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1105/tpc.112.108803
DOI ID：10.1105/tpc.112.108803, ISSN：1040-4651, ORCID：50019905, SCOPUS ID：84876758349, Web of Science ID：WOS:000318157100029 - Flowering Time Modulation by a Vacuolar SNARE via FLOWERING LOCUS C in Arabidopsis thaliana
Kazuo Ebine; Tomohiro Uemura; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
PLOS ONE, 巻：7, 号：7, 2012年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1371/journal.pone.0042239
DOI ID：10.1371/journal.pone.0042239, ISSN：1932-6203, ORCID：50019901, SCOPUS ID：84864411840, Web of Science ID：WOS:000306950200187 - Statistical organelle dissection of Arabidopsis guard cells using image database LIPS
Takumi Higaki; Natsumaro Kutsuna; Yoichiroh Hosokawa; Kae Akita; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Noriaki Kondo; Seiichiro Hasezawa
SCIENTIFIC REPORTS, 巻：2, 2012年05月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/srep00405
DOI ID：10.1038/srep00405, ISSN：2045-2322, ORCID：50019906, SCOPUS ID：84861145038, Web of Science ID：WOS:000304044100002 - Qa-SNAREs localized to the trans-Golgi network regulate multiple transport pathways and extracellular disease resistance in plants
Tomohiro Uemura; Hyeran Kim; Chieko Saito; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Paul Schulze-Lefert; Akihiko Nakano
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 巻：109, 号：5, 開始ページ：1784, 終了ページ：1789, 2012年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.1115146109
DOI ID：10.1073/pnas.1115146109, ISSN：0027-8424, ORCID：50019880, SCOPUS ID：84863129073, Web of Science ID：WOS:000299731400085 - Endosomal trafficking pathway regulated by ARA6, a RAB5 GTPase unique to plants
Kazuo Ebine; Naoto Miyakawa; Masaru Fujimoto; Tomohiro Uemura; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
Small GTPases, 巻：3, 号：1, 2012年, ［査読有り］
Taylor and Francis Inc., 英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.4161/sgtp.3.1.18299
DOI ID：10.4161/sgtp.3.1.18299, ISSN：2154-1256, ORCID：50019900, PubMed ID：22710734, SCOPUS ID：84859092534 - Dynamic behavior of clathrin in Arabidopsis thaliana unveiled by live imaging
Emi Ito; Masaru Fujimoto; Kazuo Ebine; Tomohiro Uemura; Takashi Ueda; Akihiko Nakano
PLANT JOURNAL, 巻：69, 号：2, 開始ページ：204, 終了ページ：216, 2012年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2011.04782.x
DOI ID：10.1111/j.1365-313X.2011.04782.x, ISSN：0960-7412, ORCID：50019892, SCOPUS ID：84855671917, Web of Science ID：WOS:000298874300002 - The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis
Chieko Saito; Tomohiro Uemura; Chie Awai; Motoki Tominaga; Kazuo Ebine; Jun Ito; Takashi Ueda; Hiroshi Abe; Miyo Terao Morita; Masao Tasaka; Akihiko Nakano
PLANT JOURNAL, 巻：68, 号：1, 開始ページ：64, 終了ページ：73, 2011年10月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2011.04665.x
DOI ID：10.1111/j.1365-313X.2011.04665.x, ISSN：0960-7412, ORCID：50019883, SCOPUS ID：80053575143, Web of Science ID：WOS:000295395900006 - Genetic identification of Arabidopsis RID2 as an essential factor involved in pre-rRNA processing
Iwai Ohbayashi; Mineko Konishi; Kazuo Ebine; Munetaka Sugiyama
PLANT JOURNAL, 巻：67, 号：1, 開始ページ：49, 終了ページ：60, 2011年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2011.04574.x
DOI ID：10.1111/j.1365-313X.2011.04574.x, ISSN：0960-7412, eISSN：1365-313X, ORCID：50019894, SCOPUS ID：79959717714, Web of Science ID：WOS:000292104700005 - A membrane trafficking pathway regulated by the plant-specific RAB GTPase ARA6
Kazuo Ebine; Masaru Fujimoto; Yusuke Okatani; Tomoaki Nishiyama; Tatsuaki Goh; Emi Ito; Tomoko Dainobu; Aiko Nishitani; Tomohiro Uemura; Masa H. Sato; Hans Thordal-Christensen; Nobuhiro Tsutsumi; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
NATURE CELL BIOLOGY, 巻：13, 号：7, 開始ページ：853, 終了ページ：U279, 2011年07月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/ncb2270
DOI ID：10.1038/ncb2270, ISSN：1465-7392, eISSN：1476-4679, ORCID：50019885, SCOPUS ID：79959939840, Web of Science ID：WOS:000292305700016 - Vacuolar/pre-vacuolar compartment Qa-SNAREs VAM3/SYP22 and PEP12/SYP21 have interchangeable functions in Arabidopsis
Tomohiro Uemura; Miyo Terao Morita; Kazuo Ebine; Yusuke Okatani; Daisuke Yano; Chieko Saito; Takashi Ueda; Akihiko Nakano
PLANT JOURNAL, 巻：64, 号：5, 開始ページ：864, 終了ページ：873, 2010年12月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2010.04372.x
DOI ID：10.1111/j.1365-313X.2010.04372.x, ISSN：0960-7412, ORCID：50019907, SCOPUS ID：78649573452, Web of Science ID：WOS:000284592400013 - Endocytosis restricts Arabidopsis KNOLLE syntaxin to the cell division plane during late cytokinesis
Yohann Boutte; Marcia Frescatada-Rosa; Shuzhen Men; Cheung-Ming Chow; Kazuo Ebine; Anna Gustavsson; Lenore Johansson; Takashi Ueda; Ian Moore; Gerd Juergens; Markus Grebe
EMBO JOURNAL, 巻：29, 号：3, 開始ページ：546, 終了ページ：558, 2010年02月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/emboj.2009.363
DOI ID：10.1038/emboj.2009.363, ISSN：0261-4189, ORCID：50019893, SCOPUS ID：76349116068, Web of Science ID：WOS:000274233400004 - Application of Lifeact Reveals F-Actin Dynamics in Arabidopsis thaliana and the Liverwort, Marchantia polymorpha
Atsuko Era; Motoki Tominaga; Kazuo Ebine; Chie Awai; Chieko Saito; Kimitsune Ishizaki; Katsuyuki T. Yamato; Takayuki Kohchi; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 巻：50, 号：6, 開始ページ：1041, 終了ページ：1048, 2009年06月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1093/pcp/pcp055
DOI ID：10.1093/pcp/pcp055, ISSN：0032-0781, ORCID：50019888, SCOPUS ID：67649369329, Web of Science ID：WOS:000266967600004 - Unique mechanism of plant endocytic/vacuolar transport pathways
Kazuo Ebine; Takashi Ueda
JOURNAL OF PLANT RESEARCH, 巻：122, 号：1, 開始ページ：21, 終了ページ：30, 2009年01月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1007/s10265-008-0200-x
DOI ID：10.1007/s10265-008-0200-x, ISSN：0918-9440, ORCID：50019882, SCOPUS ID：58149333152, Web of Science ID：WOS:000262241300002 - Generation of cell polarity in plants links endocytosis, auxin distribution and cell fate decisions
Pankaj Dhonukshe; Hirokazu Tanaka; Tatsuaki Goh; Kazuo Ebine; Ari Pekka Mahonen; Kalika Prasad; Ikram Blilou; Niko Geldner; Jian Xu; Tomohiro Uemura; Joanne Chory; Takashi Ueda; Akihiko Nakano; Ben Scheres; Jiri Friml
NATURE, 巻：456, 号：7224, 開始ページ：962, 終了ページ：U75, 2008年12月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1038/nature07409
DOI ID：10.1038/nature07409, ISSN：0028-0836, ORCID：50019895, SCOPUS ID：56349106623, Web of Science ID：WOS:000261768300048 - A SNARE Complex Unique to Seed Plants Is Required for Protein Storage Vacuole Biogenesis and Seed Development of Arabidopsis thaliana
Kazuo Ebine; Yusuke Okatani; Tomohiro Uemura; Tatsuaki Goh; Keiko Shoda; Mitsuru Niihama; Miyo Terao Morita; Christoph Spitzer; Marisa S. Otegui; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
PLANT CELL, 巻：20, 号：11, 開始ページ：3006, 終了ページ：3021, 2008年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1105/tpc.107.057711
DOI ID：10.1105/tpc.107.057711, ISSN：1040-4651, ORCID：50019896, SCOPUS ID：58149332213, Web of Science ID：WOS:000262131500009 - VPS9a, the common activator for two distinct types of Rab5 GTPases, is essential for the development of Arabidopsis thaliana
Tatsuaki Goh; Wakana Uchida; Satoko Arakawa; Emi Ito; Tomoko Dainobu; Kazuo Ebine; Masaki Takeuchi; Ken Sato; Takashi Ueda; Akihiko Nakano
PLANT CELL, 巻：19, 号：11, 開始ページ：3504, 終了ページ：3515, 2007年11月, ［査読有り］
英語, 研究論文（学術雑誌）
DOI：https://doi.org/10.1105/tpc.107.053876
DOI ID：10.1105/tpc.107.053876, ISSN：1040-4651, ORCID：50019898, SCOPUS ID：37849024683, Web of Science ID：WOS:000252268700016 - The Arabidopsis AAA ATPase SKD1 is involved in multivesicular endosome function and interacts with its positive regulator LYST-INTERACTING PROTEIN5
Thomas J. Haas; Marek K. Sliwinski; Dana E. Martinez; Mary Preuss; Kazuo Ebine; Takashi Ueda; Erik Nielsen; Greg Odorizzi; Marisa S. Otegui
PLANT CELL, 巻：19, 号：4, 開始ページ：1295, 終了ページ：1312, 2007年04月, ［査読有り］
英語
DOI：https://doi.org/10.1105/tpc.106.049346
DOI ID：10.1105/tpc.106.049346, ISSN：1040-4651, ORCID：50019881, SCOPUS ID：34250643053, Web of Science ID：WOS:000246802200015 - 常磐松御用邸産変形菌
山本 幸憲; 萩原 博光; 出川 洋介; 川上 新一; 稲葉 重樹; 加茂野 晃子; 棚橋 薫彦; 海老根 一生
自然教育園報告, 巻：36, 開始ページ：31, 終了ページ：65, 2005年03月
Myxomycetes collected at the Tokiwamatsu Imperial Villa, Tokyo Pref., Japan were examined by field work and moist chamber culture. As a result, 56 taxa were enumerated. Among them 11 taxa (Clastoderma debaryanum van imperatorium, Dictydiaethalium ferrugineum, Licea kleistobolus, L pedicellata (Arcyria affinis), Diderma microsporum, Didymium chrysosporum, Physarum leucophaeum, P. melleum f. luteum, P. sulphureum and Macbrideola martini were new to Tokyo Pref. (Bonin Islands are excluded). As a total, 210 myxomycetes become known from Tokyo Pref, and 25 taxa are illustrated to clarify the concept of each taxon. Both lists of the myxomycetes found in Tokyo Pref. and the corticolous myxomycetes collected from living trees in this study are added.
国立科学博物館, 日本語
ISSN：0385-759X, CiNii Articles ID：110004709621, CiNii Books ID：AN00103849
- シロイヌナズナ根毛側面形成に関与する膜交通系の解明
佐藤雅彦; 海老根一生; 上田貴志; 檜垣匠; 中山隆宏; 紺野宏記; 今村寿子; 平野朋子
日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM), 巻：87th, 2023年
J-Global ID：202302234121968143 - PICALM2による花粉特異的VAMP72メンバーの局在制御メカニズムの解析
海老根一生; 海老根一生; 藤本優; 室啓太; 武内秀憲; 野澤彰; 澤崎達也; 東山哲也; 上田貴志; 上田貴志
日本植物生理学会年会(Web), 巻：64th, 2023年
J-Global ID：202302248876760406 - コケ配偶体と花粉における生殖細胞分化の理解と制御に向けて
山岡尚平; 海老根一生; 海老根一生; 齊藤美咲; 樅木亮介; 吉竹良洋; 上田貴志; 上田貴志; 光田展隆; 西浜竜一; 西浜竜一; 荒木崇; 河内孝之
日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM), 巻：86th, 2022年
J-Global ID：202302230962734914 - シロイヌナズナSYP123-VAMP727SNARE複合体は,根毛側面への二次細胞壁成分の輸送に関与する
佐藤雅彦; 海老根一生; 上田貴志; 檜垣匠; 紺野宏記; 中山隆宏; 平野朋子
日本植物生理学会年会(Web), 巻：63rd, 2022年
J-Global ID：202202216741771060 - 陸上植物の生殖細胞分化に必要なbHLH転写因子複合体の解析
山岡尚平; 齊藤美咲; 樅木亮介; 吉竹良洋; 光田展隆; 海老根一生; 海老根一生; 西浜竜一; 西浜竜一; 荒木崇; 河内孝之
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 巻：2022, 2022年
ISSN：2186-7976, J-Global ID：202202210808349888 - シロイヌナズナの雄原細胞の取り込みに関わるGH17メンバーの解析
海老根一生; 海老根一生; 山岡尚平; 上田貴志; 上田貴志
日本植物生理学会年会(Web), 巻：62nd, 2021年
J-Global ID：202102282523407154 - シロイヌナズナの雄原細胞形成に関わるGH17メンバーの解析
海老根一生; 海老根一生; 山岡尚平; 上田貴志; 上田貴志
日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM), 巻：84th, 2020年
J-Global ID：202302278743534156 - シロイヌナズナの雄原細胞形成に関わるGH17メンバーの解析
海老根一生; 海老根一生; 山岡尚平; 上田貴志; 上田貴志
日本植物生理学会年会(Web), 巻：61st, 2020年
J-Global ID：202002220586226291 - シロイヌナズナにおけるHOPS/CORVET complexの解析
竹元廣大; 海老根一生; 郷達明; 井藤純; 中野明彦; 中野明彦; 上田貴志
日本植物学会大会研究発表記録, 巻：79th, 開始ページ：163, 2015年09月01日
日本語
J-Global ID：201502219286823388 - 学部生に伝える研究最前線
海老根 一生; 上田 貴志; 牧島 一夫; 中澤 知洋; 寺坂 尚絃; 菅 裕明
東京大学理学系研究科・理学部ニュース, 巻：46, 号：3, 開始ページ：7, 終了ページ：9, 2014年09月
植物の液胞へ物質を運ぶ仕組みを解明／宇宙最強の磁石天体は、磁力で変形していた／1つの遺伝子から2つのペプチドを同時に合成
東京大学大学院理学系研究科・理学部, 日本語
CiNii Articles ID：120005477796, CiNii Books ID：AA11719620 - Generation of cell polarity in plants links endocytosis, auxin distribution and cell fate decisions (vol 456, pg 962, 2008)
Pankaj Dhonukshe; Hirokazu Tanaka; Tatsuaki Goh; Kazuo Ebine; Ari Pekka Maehoenen; Kalika Prasad; Ikram Blilou; Niko Geldner; Jian Xu; Tomohiro Uemura; Joanne Chory; Takashi Ueda; Akihiko Nakano; Ben Scheres; Jiri Friml
巻：511, 号：7509, 2014年07月
英語, その他
DOI：https://doi.org/10.1038/nature13549
DOI ID：10.1038/nature13549, ISSN：0028-0836, eISSN：1476-4687, Web of Science ID：WOS:000338992200043 - 植物の液胞輸送経路の解析
海老根一生; 井上丈司; 井藤純; 伊藤瑛海; 植村知博; 郷達明; 安部弘; 佐藤健; 中野明彦; 上田貴志
日本植物生理学会年会要旨集, 巻：55th, 開始ページ：210, 2014年03月11日
日本語
J-Global ID：201402294643094628 - ゼニゴケを用いた植物特異的膜交通経路の研究
恵良美子; 海老根一生; 石崎公庸; 白川一; 西浜竜一; 河内孝之; 中野明彦; 上田貴志
日本植物学会大会研究発表記録, 巻：77th, 開始ページ：140, 2013年08月20日
日本語
J-Global ID：201302256106492459 - 液胞膜の融合を制御する2つのSNARE複合体の解析
海老根一生; 藤本優; 郷達明; 井藤純; 齋藤知恵子; 植村知博; 中野明彦; 上田貴志
日本植物学会大会研究発表記録, 巻：75th, 開始ページ：136, 2011年09月10日
日本語
J-Global ID：201102253421274334 - 研究ニュース
丸山 真一朗; 野崎 久義; 井出 哲; 吉岡 孝高; 五神 真; 海老根 一生; 上田 貴志; 若林 憲一
東京大学理学系研究科・理学部ニュース, 巻：43, 号：3, 開始ページ：10, 終了ページ：14, 2011年09月
ミドリムシの祖先は「アカムシ」だった？／東北沖巨大地震はどのような現象だったのか？／励起子ボース・アインシュタイン凝縮の実現／細胞内の交通網はどのように整備されたのか／緑藻の光の好き嫌いを決める細胞内シグナル
東京大学大学院理学系研究科・理学部, 日本語
CiNii Articles ID：120003367893, CiNii Books ID：AA11719620 - エンドソーム/液胞膜の融合を制御するR‐SNAREの解析
海老根一生; 藤本優; 郷達明; 井藤純; 植村知博; 中野明彦; 上田貴志
日本植物学会大会研究発表記録, 巻：73rd, 開始ページ：143, 2009年09月17日
日本語
J-Global ID：200902285989713112 - 種子植物特異的R‐SNAREであるVAMP727の機能解析
海老根一生; 岡谷祐哉; 郷達明; 井藤純; 植村知博; 中野明彦; 上田貴志
日本植物生理学会年会要旨集, 巻：50th, 開始ページ：317, 2009年03月16日
日本語
DOI：https://doi.org/10.14841/jspp.2009.0.0811.0
DOI ID：10.14841/jspp.2009.0.0811.0, J-Global ID：200902298415758368 - 植物のRab5メンバーの動態と活性化制御機構の解析
郷 達明; 海老根 一生; 植村 知博; 上田 貴志; 中野 明彦
バイオイメージング, 巻：16, 号：2, 開始ページ：169, 終了ページ：170, 2007年10月05日
日本語
ISSN：1342-2634, CiNii Articles ID：10019824105, CiNii Books ID：AN1055579X - Functional analysis of AtVamp727 in Arabidopsis thaliana
Yusuke Okatani; Kazuo Ebine; Tomoko Dainobu; Tatsuaki Goh; Tomohiro Uemura; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
巻：48, 開始ページ：S205, 終了ページ：S205, 2007年
英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
ISSN：0032-0781, Web of Science ID：WOS:000245922701298 - Endocytosis regulates flowering of Arabidopsis thaliana
Kazuo Ebine; Akihiko Nakano; Takashi Ueda
巻：48, 開始ページ：S114, 終了ページ：S114, 2007年
英語, 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
ISSN：0032-0781, Web of Science ID：WOS:000245922700453 - Endocytosis regulates flowering of Arabidopsis thaliana
EBINE Kazuo; NAKANO Akihiko; UEDA Takashi
Journal of plant research, 巻：119, 開始ページ：141, 終了ページ：141, 2006年12月01日
英語
ISSN：0918-9440, CiNii Articles ID：10019309816, CiNii Books ID：AA10900218
■ 共同研究・競争的資金等の研究課題
- RAB5を中心とした植物の液胞輸送システムの解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 基盤研究(C), 2021年04月01日 - 2024年03月31日
海老根 一生, 基礎生物学研究所
配分額（総額）：4160000, 配分額（直接経費）：3200000, 配分額（間接経費）：960000
液胞は植物の細胞の中でも貯蔵・分解・空間充填・浸透圧調節など多様な機能を担うオルガネラである。この多様な液胞機能を果たす為に、多くのタンパク質が液胞へと輸送されている。申請者は、モデル植物であるシロイヌナズナにおいて、液胞への輸送経路は少なくとも4つあり、それぞれの経路が異なるタンパク質を液胞へ輸送していること、中でも植物固有の液胞輸送経路が環境応答に関わることを明らかにしてきた。しかしながら、複数の液胞輸送経路にはどのような性質の違いがあるか、液胞輸送経路の多様化は植物において普遍的なものなのか、といった疑問が残されている。本研究課題では、シロイヌナズナを用いて液胞輸送経路の分子メカニズムを詳細に解析し、これを広範な植物種においても解析することで、植物の液胞輸送経路の分子メカニズムとと保存性を明らかにすることである。本年度はエンドサイトーシス経路で機能する鍵因子であるRAB5およびRAB5の活性化因子であるVPS9aに注目し、共免疫沈降で単離された相互作用候補因子について詳細な結合解析を行い、いくつかの相互作用候補因子についてベンサミアナタバコを用いたBiFC法においてもこれらが細胞内で結合することを示す結果を得た。現在これらの因子について、変異体を用いた詳細な解析の他、多様な植物種から相同因子を単離し、結合能の保存性を確認する実験を進めている。この他、異なる液胞輸送経路で運ばれることが期待される人工積荷タンパク質をシロイヌナズナに導入し、野生型および変異体における局在解析を進めている。
課題番号：21K06222
論文ID：50191572 - 様々なタイプのオートファジーによる植物の高次機能発現
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型), 新学術領域研究(研究領域提案型), 2019年06月28日 - 2024年03月31日
吉本 光希; 海老根 一生, 明治大学
配分額（総額）：66820000, 配分額（直接経費）：51400000, 配分額（間接経費）：15420000
本研究計画では、独立栄養生物であるが故に存在する様々なタイプのオートファジー機構の解明、およびそれらによる植物の高次機能発現の解明を目的とし、その成果をもとに、植物オートファジーの環境応答機能としての重要性を理解して他の生物と比較しながら植物の巧みな生存戦略の一端を紐解くことを目指す。今年度は以下の課題を推進した。
①栄養欠乏下における植物マクロオートファジーの役割
前年度、オートファジーは，亜鉛欠乏下で植物の細胞内亜鉛のリサイクルを促進し，葉のクロロシスを抑制することを明らかにしたが，亜鉛欠乏環境に直接さらされる根におけるオートファジーが地上部の表現型に影響を与えた可能性が考えられた。そこで、野生型とオートファジー不能植物を用いて接木実験を行い，オートファジー分解による亜鉛補給メカニズムは植物全体のシステミックなシステムではなく局所的であることを明らかにした（Shinozaki et al., Plant Signal. & Behav., 2020）。
また、亜鉛過剰下では植物は鉄の吸収阻害により鉄欠乏に陥るが、オートファジーが細胞内の多様な自己成分を分解することで、鉄イオンを回収し必要箇所へ再供給することで亜鉛毒性耐性を獲得していることを明らかにした（Shinozaki et al., Plant Cell Physiol., 2021）。
②ストレス下におけるマクロ・ミクロオートファジーの膜動態とその連携
アンモニアストレス下においてマクロオートファジーがオートファゴソームと液胞膜との融合ステップで阻害され，その一方で，液胞膜が陥入して細胞質成分を液胞内に輸送し分解するミクロオートファジーが活性化することを発見した。本発見は，未だ不明の植物ミクロオートファジーの分子機構解明に向けた新規研究ツールになり得る（Robert et al., Plant J., 2021）。
課題番号：19H05713 - 植物の雄性配偶体形成を制御する膜交通メカニズムの解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型), 新学術領域研究(研究領域提案型), 2019年04月01日 - 2021年03月31日
海老根 一生, 基礎生物学研究所
配分額（総額）：8580000, 配分額（直接経費）：6600000, 配分額（間接経費）：1980000
膜交通はオルガネラ間の物質輸送を担う真核生物に普遍的な細胞機能である一方、その分子機構は系統毎に多様化し、それぞれの生物に特有の生命現象に深く関わっていることが知られている。我々は特に雄性配偶子形成を制御する膜交通のメカニズムとその役割の解明を目標とする。
シロイヌナズナの雄原細胞・精細胞で機能すると考えられるPICALM1の変異体の機能解析を進めたところ、植物の矮化等の表現型を示すものの変異の遺伝には異常が見られないことから、他のPICALMも雄原細胞・精細胞で機能していることが示唆された。また、細胞膜に局在する膜交通制御因子のうち精細胞で発現することが示唆された遺伝子について、変異体の表現型解析を行った結果、栄養細胞にも異常が見られたことから、栄養細胞特異的プロモーターで変異を相補させた株を作成し、雄原細胞・精細胞における機能解析を試みている。
ゼニゴケの雄性配偶子形成過程では、細胞膜に局在するSNAREであるMpSYP12Aが液胞に運ばれて分解される。この現象について詳細な観察から、精子変態のごく初期に細胞膜上のMpSYP12Aのほとんどが細胞内に取り込まれることを明らかにした。また、この現象のエンドサイトーシスによる制御メカニズムを明らかにするため、ゼニゴケのPICALMに注目した解析を進め、3つのPICALMのうち2つについては、葉状体においてクラスリン被覆小胞と思われる細胞膜近傍のドット状構造に局在する様子が観察される一方、残りの1つは鞭毛基部に集積して局在している様子が観察された。現在これらの変異体の作出と雄性配偶子形成過程の表現型の詳細な解析を進めている。これに加え、領域内共同研究から植物の精子形成に関わることが推定される新規遺伝子を探索を進めており、そのうち一つが基底小体に局在すること、変異体が精子の鞭毛に異常を示すことを見出した。
課題番号：19H04872 - 植物の液胞輸送メカニズムの解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 基盤研究(C), 2018年04月01日 - 2021年03月31日
海老根 一生, 基礎生物学研究所
配分額（総額）：4290000, 配分額（直接経費）：3300000, 配分額（間接経費）：990000
液胞は植物の細胞のなかでも貯蔵・分解・空間充填・浸透圧調節など多様な機能を担うオルガネラであり，この多様な液胞機能を果たすために多くのタンパク質が液胞へと輸送されている．本研究課題では，植物の液胞輸送経路で機能する分子の使い分けと特異性のメカニズムの解析を通して，植物の液胞輸送経路の多様化の分子メカニズムと意義を明らかにすることである．
植物の液胞輸送経路のなかでも，植物固有の液胞輸送経路については，積み荷の積み込みに関わる因子の詳細は明らかになっていない．そこで，既知の液胞への積み込みに関わる因子との関連を解析した結果，液胞輸送に関わるAdapter protein複合体(AP複合体)の中でも，AP4複合体の変異体において植物固有の液胞輸送経路で運ばれるタンパク質の輸送に異常が見いだされ，植物固有の液胞輸送経路の上流でAP4複合体が機能することが明らかになった．近年AP4複合体が液胞へのトランスポーターの輸送を介して環境応答に関わることが報告された．このことから，植物固有の液胞輸送が植物の環境応答に重要な役割を担うことが示唆された．
植物の液胞輸送経路の特徴として，液胞輸送経路の膜融合装置として機能するRAB5が2つの異なる輸送経路を制御することが挙げられる．これを支える分子メカニズムとして，RAB5がそれぞれの液胞輸送経路で機能する相互作用因子が異なることが想定される．そこで，個々の輸送経路で機能するRAB5相互作用因子を，共免疫沈降と質量分析によって単離する．本年度は共免疫沈降実験によるサンプル調製法の検討を行った．
課題番号：18K06303 - 植物の配偶体形成で機能する膜融合装置の解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型), 新学術領域研究(研究領域提案型), 2017年04月01日 - 2019年03月31日
海老根 一生, 基礎生物学研究所
配分額（総額）：9360000, 配分額（直接経費）：7200000, 配分額（間接経費）：2160000
膜交通はオルガネラ間の物質輸送を担う真核生物に普遍的な細胞機能である．膜交通の分子機構はその主なメカニズムが真核生物において高度に保存される一方で，種や組織特異的な多様化があることがわかってきており，この分子機構の多様化はそれぞれの生物に特有の生命現象に深く関わっている．植物の生殖過程においても特異的に発現する膜交通制御の鍵因子が多く存在することから，膜交通が重要な役割を担っていることが知られている．本研究では，古くから「鍵と鍵穴」に例えられ膜融合の特異性を決定するSNAREに着目した研究から，コケ植物と被子植物における配偶子形成の際の細胞質分裂の仕組みの解明と，両者の比較による配偶子形成の進化と膜交通の多様化の関連の解明を目指している．これまでに，シロイヌナズナの花粉第一有糸分裂の分裂面にSYP11が局在すること，syp11変異が雌雄の配偶子からの遺伝に異常があること，およびsyp3変異体でSYP11を含むSNAREの局在が異常となることを見いだし，花粉第一有糸分裂にはSYP11が関わること，SYP3がこれらの輸送を制御することを示した．また，ゼニゴケの精子変態期にMpSYP3が発達した液胞の近傍に局在することも見いだした．さらに，膜交通のもう一つの「鍵と鍵穴」である積み荷とその輸送小胞への取り込みの制御因子PICALMの関係に注目し，PICALM5が花粉管伸長時に機能する受容体様キナーゼの一つであるANXの局在制御に関わることを明らかにした．この他，シロイヌナズナにおいて雄原細胞から精細胞にかけて強く発現する膜交通制御因子を複数同定する，ゼニゴケの精子形成過程で強く発現するプロモーターを単離するなど，両モデル植物の精細胞/精子形成における膜交通の解析を進める上で基盤となる知見を得た．
課題番号：17H05850 - 膜融合装置から探る植物液胞機能の発現機構の解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 若手研究(B), 若手研究(B), 2015年04月01日 - 2017年03月31日
海老根 一生
配分額（総額）：4160000, 配分額（直接経費）：3200000, 配分額（間接経費）：960000
液胞は植物細胞の体積の90%以上を占めるオルガネラで，物質の貯蔵や空間充填など植物特有の機能を持つ．これらの機能に関わる液胞への輸送経路は複数あるが，その使い分けや制御メカニズムは不明である．液胞輸送経路の詳細な解析から，RAB5依存的でRAB7やAP3に非依存的な経路が小胞体から液胞への直接的な輸送経路であることが示唆された．また，液胞膜融合実行因子の変異体sgr3-1の解析から，植物の新規液胞制御因子としてalpha-SNAPを単離した．
課題番号：15K18551 - 細胞壁の構築と生理機能発現における膜交通の役割と分子機構の解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型), 新学術領域研究(研究領域提案型), 2012年06月28日 - 2017年03月31日
上田 貴志; 植村 知博; 藤本 優; 海老根 一生
配分額（総額）：47190000, 配分額（直接経費）：36300000, 配分額（間接経費）：10890000
細胞壁の構築と機能発現に膜交通がいかに関わるのかを，様々な側面から調べた．セルロース合成酵素複合体（CSC）の動態を超解像顕微鏡を用いて観察し，CSCのダイナミン依存的エンドサイトーシスを可視化した．さらに，PI3KおよびPI4KがCSCの輸送の異なる過程に関与することを明らかにした．植物―微生物間相互作用については，フラジェリン受容体FLS2の動態解析で成果があった．さらに，液胞輸送経路の損傷により細胞壁が影響を受けること，植物の液胞輸送経路が他の生物と異なる仕組みにより制御されていることを突き止めた．ゼニゴケを用いた進化細胞生物学的解析では，膜交通の多様化の歴史の再構築が進行中である．
課題番号：24114003 - アピコンプレクサＲａｂ５Ｂと陸上植物ＡＲＡ６が制御する小胞輸送経路の解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 特別研究員奨励費, 2011年 - 2014年03月31日
海老根 一生, 国立感染症研究所
配分額（総額）：2400000, 配分額（直接経費）：2400000
Rabは膜融合における鍵因子の一つであり,Rabの多様化とオルガネラの多様化には密接な関連があると考えられている.本研究では植物とアピコンプレクス門原虫にのみ存在する特異的なRabである,Rab5bの機能解析を通じて,両生物に特異的なオルガネラ制御システムを明らかにしようとするものである.
Rabの機能を知るにはその局在について詳細を明らかにする必要がある.そこで,本年度はマラリア原虫を用いてRab5bの局在について詳細な解析を行った.抗Rab5b抗体,およびRab5bにエピトープタグを付与させたタンパク質の過剰発現による局在解析の結果,Rab5bが細胞内のドット状のオルガネラに局在することに加え,一部が感染赤血球内に分泌されていることが明らかになった.また,このドット状のオルガネラは,ゴルジ体,エンドソームなどの既知のオルガネラとは異なる未知のオルガネラであった.このことから,Rab5bは未知のドット状のオルガネラを経由して感染赤血球内に輸送されていることが示唆された.さらに,Rab5bの感染赤血球への輸送にはRab5b特異的な脂質修飾のみで十分であること,マラリア原虫においてはRab5b同様の脂質修飾を受けるタンパク質が同様に感染赤血球に輸送されることが明らかになった.これらのことから,Rab5bが特定の脂質修飾を受けたタンパク質を感染赤血球内に輸送していることが考えられる.
この他,Rab5bの相互作用因子の網羅的解析による,Rab5bの機能発現の分子メカニズム解析のため,本年度はRab5bと相互作用することが期待されるVps9ドメインを持つタンパク質の抗体を作成した.また,Rab5bと他のRab5のキメラタンパク質を用いた機能相補実験から,Rab5bの機能にはそのほぼ全長が保存されている必要があることが明らかになった.
課題番号：11J08803 - エンドサイトーシスによる植物の高次形態形成制御の解析
日本学術振興会, 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 特別研究員奨励費, 2007年 - 2009年
海老根 一生, 東京大学
配分額（総額）：2700000, 配分額（直接経費）：2700000
これまでの研究結果から,液胞膜およびエンドソームに局在するQ-SNAREであるVAM3について,エンドソームに局在するR-SNAREであるVAMP727とSNARE複合体を形成し,胚発生における液胞への輸送という,種子植物にとって重要な輸送経路の制御を行っていることを明らかにしている.これに加え,遺伝学的,および生化学的解析から,液胞膜に局在するR-SNAREであるVAMP71もVAM3とSNARE複合体を形成すること,種子においてVAMP71が貯蔵型液胞膜の形成を制御することを明らかにした.VAMP727とVAMP71は細胞内において異なる局在パターンを示すことから,この2つは異なる場所においてVAM3とSNARE複合体形成していると考えられる.これは,液胞膜の膜融合に2つの異なる経路があることを意味している.現在,これらのSNARE複合体による膜融合制御について,その上流で機能する分子の詳細,およびそれぞれのSNARE複合体による膜融合が様々な液胞機能の発現にどのように寄与しているのかを明らかにするべく,特にSNARE複合体の上流で膜融合を制御するRABに注目して研究を行っている.一方で,植物固有のRAB5であるARA6は,主にエンドソームに局在することから,エンドサイトーシスに重要な機能を担っていることが考えられる.ARA6についての変異体を用いた解析から,これが保存型のRAB5と拮抗的な機能をもつことを明らかにしている.このARA6による細胞内輸送制御の機能に関して,下流で機能するSNARE複合体に注目して解析を行った結果,ARA6がVAMP727を介してエンドソームから細胞膜への輸送を制御していることが明らかになった.
課題番号：07J05010